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miniconda 下载、安装
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #官网链接
#or
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #清华镜像
- 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
出现了路径的配置，可默认、可自定义
tips:路径可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；
- 激活
输入source ~/.bashrc来激活conda - 测试
conda - 添加channnel
因为国外源网速不稳定，可添加国内镜像
清华源：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
USTC:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看channels:
conda config --get channels - 移除某个channels：
conda config --remove channels
软件安装
- 检查已安装软件
conda list - 安装软件
conda install 软件名称(ex.fastqc)conda search fastqc #搜索软件conda insatall fastqc -y # -y为自动安装conda install fastqc=0.11.7 -y #安装0.11.7版本的fastqcconda update fastqc # 更新软件conda remove fastqc # 卸载软件
conda环境安装、卸载
conda info --envs # 查看环境conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立一个rna-seq的环境，python指定为python3，并安装fastqc和trimmomaticconda activate rna-seq # 激活rna-seq
如何卸载一个环境中的软件
卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
要卸载环境中的全部软件，需要先退出当前环境再删除，使用conda deactivate
卸载环境conda remove -n rna-seq --all
conda 卸载
- 删除miniconda3文件夹
rm -rf ~/miniconda3
2. 环境变量中去掉conda,vi ~/bash_profile删除conda路径，退出保存 失败
3.删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
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ll不是命令，是ls -l的别名
ls 命令可以说是linux下最常用的命令之一。
-a 列出目录下的所有文件，包括以 . 开头的隐含文件。
-b 把文件名中不可输出的字符用反斜杠加字符编号(就象在C语言里一样)的形式列出。
-c 输出文件的 i 节点的修改时间，并以此排序。
-d 将目录象文件一样显示，而不是显示其下的文件。
-e 输出时间的全部信息，而不是输出简略信息。
-f -U 对输出的文件不排序。
-g 无用。
-i 输出文件的 i 节点的索引信息。
-k 以 k 字节的形式表示文件的大小。
-l 列出文件的详细信息。
-m 横向输出文件名，并以“，”作分格符。
-n 用数字的 UID,GID 代替名称。
其他命令
conda info 查询conda信息
conda update conda 升级conda
conda list 查看安装了哪些包。
conda env list 或 conda info -e 查看当前存在哪些虚拟环境
conda create -n py27 python=2.7
conda create -n py35 python=3.5
python --version 检查当前环境python版本
source active py27（py35） 激活虚拟环境
conda install -n py35 [包名] 将包安装到虚拟环境下
deactivate py35 关闭虚拟环境
conda remove -n py27 --all 移除虚拟环境
conda remove --name $py35 $package_name 移除环境中的某个包
