EMMAX
下载:http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html
解压后即可直接用
前期需plink准备输入文件
运行命令:
emmax -v -d 10 -t [tped_prefix] -p [pheno_file] -k [kin_file] -o [out_prefix]
应用:样本间亲缘关系对结果的影响比较大的时候
GEMMA
下载:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA