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1,首先需要得到待克隆的基因的CDS序列,上游UTR约250bp,下游UTR约250bp。将上游250bp和CDS序列和下游250bp拼起来,ctrl+C复制。
2,打开Primer Premier 5软件(自行激活),选择DNA Sequence。
3,把序列粘贴到空白面板处,弹出的框框直接点OK。
4,再点Primer。
5,在弹出的框框中点search。
6,弹出这么一个框框,因为用上下游各250bp的UTR作为正/反向引物设计,所以正向引物Sense Primer的位置是1到250。我的这个基因两个UTR和CDS加起来的整体的长度是1935bp,所以反向引物的位置是在1685到1935。最后一个是PCR产物的大小,我的CDS长度是1353,所以就是1353到1953。
7,点OK,OK。又弹出这么一个框框。一般对前5个结果进行挑选。
8,以第二个结果为例,点一下之后,回到这个框框中,点左边的S,代表Sense正向,再点Edit Primers。
9,弹出这么的框框,可以看长度,Tm值和GC含量,底下还能看引物是否有发夹结构,引物二聚体,错配。可以在那个小框里自行调整序列,比如我喜欢长一点的,我调整到19~25bp,前后都可以根据自己的序列进行加减微调碱基,再点右边的Analysis信息就会更新。三个只红了一个错配,还行。那我就挑选这个序列作为正向引物了,选中复制粘贴就行。
10,接下来就是回到第8步,点A,代表Anti反向。一样的操作。一对引物的Tm值和长度要相近。复制粘贴这段序列就行,它会自行从5’端开始的。一定要把信息记录好,将序列信息发给公司合成引物就行了。
11,公司送到引物后,就可以做PCR,一般是连T载,转大肠杆菌,然后涂板挑点摇菌,菌落PCR出来单条带就可以送样测序了。因为公司测序前后50bp都是不准的,且单端测序只能测约800bp,这种方法可以确认基因的全长,尤其是基因的两端,往后就可以设计含同源臂的引物再连接各种载体了。引物设计还可以用NCBI网站,具体教程百度即可。
12,再次感谢我漂亮的吴师姐~