在申时行掌管朝政的期间，发生过一次边境冲突，与蒙古的战争一触即发，而后在申时行的坚持下才使得情况缓和了下来， 这就是一件典型的帝国处理边境危机的事件。军事机构由文官控制，因为边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度既不可过低，也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问，但在紧要关头，皇帝又能左右全局，而申时行正是在万历的支持下下才避免了一场战争。
申时行的温和态度是基于他对政治制度的深刻了解，在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘若不是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼挟对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，既不出面主持礼仪，不见群臣。而这在之后申时行离开后就已经发生。
“由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己的创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子，并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？”
