很早前就了解到TBtool是一个很好用的可视化软件，这个软件由CJchen开发。
而且在近几年的基因家族挖掘的文章中广泛使用，并且可以做出很漂亮的图片出来，而且该软件是由Java语言编写从而赋予了这个软件极强的可迁移性，该软件的可以跨平台使用。因此在这个地方对Ubuntu下如何安装并使用这个软件进行一个简单的介绍。
其中在本文中主要介绍如何在Ubuntu环境下部署这个软件并使之成为一个如同一般软件一样容易启动。
1. 下载与解压
TBtool项目部署在github上可以进行下载
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ wget https://github.com/CJ-Chen/TBtools/archive/master.zip
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ unzip master.zip
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ l
circos-0.69-6/ hmmer-3.2.1/ master.zip MCScanX.zip
circos-0.69-6.tgz hmmer.tar.gz MCScanX/ TBtools-master/
2.运行软件
先进入文件夹后查看文件夹内容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ cd TBtools-master/
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ l
img/ LICENSE Linux.sh Mac.command README.md TBtools_JRE1.6.jar Win.bat
可以看到这个文件夹里面的构成是包括一个java程序和在不同的平台环境下进行启动运行的脚本
在Linux平台下我们采用的是Linux.sh这个脚本进行启动，我们可以先试一试这个脚本启动的情况。
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ sh ./Linux.sh
3556.0
JVM Maxmum Memory: 3728736256
Whether to show Ad = (0~1) 0.6227614244601068>0.7
Maxmum Memory for Curr TBtools: 3728736256
TBtool的可视化界面
通过命令行我们可以很容易地启动这个软件，但是有个问题来了，既然是可视化的软件最好可以用可视化的方式进行启动
因此我们需要配置一下可视化启动的Icon
3.配置可视化启动按钮
首先去下载一个图标吧
我随便截了一个图出来做图标（反正你认识就好了）
TBtool.png
然后命名好就行了
然后获取两个路径
一个是图标的路径
另外一个是刚才那个Linux.sh的路径
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ pwd
/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ cd img/
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master/img$ pwd
/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/img
接下来做一个启动脚本
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/Desktop$ gedit TBtool.desktop
新建一个.desktop的脚本
然后将以下的东西写进去
[Desktop Entry]
Name=TBtool
Name[zh_CN]=TBtool
Comment=TBtool
Exec=sh /home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/Linux.sh
Icon=/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/img/TBtool.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;
Encoding=UTF-8
StartupNotify=true
需要注意的三点
第一个地方是Exec 后面，采用的是Linux.sh脚本的绝对路径，这个地方就把前面获取的绝对路径加进去就好了，记得加文件名。
第二个因为要启动的是一个.sh脚本，因此需要在前面加入sh 作为命令
第三个就是Icon的路径是TBtool图标的绝对路径，同样需要加入这个图标的文件名。
好了这个时候我们再看桌面上已经出现了这个图标了并且可以进行启动
启动按钮 .png
另外有些还可以将这个东西发布到dash中，具体方法很简单，将桌面这个.desktop 的文件拷贝到 一个文件夹就可以
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/Desktop$ cp /home/yeyuntian/Desktop/TBtool.desktop /usr/share/applications/
Dash 中搜索TBtool.png
