差异表达2|Robust Rank Aggregation

RRA是一种对排名进行整合,获得一个综合性排名列表的算法。

  1. 原始排名 -> 相对值
  2. 对于每个基因,对应的rank vector r=(r1, ..., rn)
  3. RRA computes a P-value ρk for the kth smallest value based on the beta distribution.
    若𝑋(𝑘)是𝑈(0,1)的第𝑘个次序统计量,则
    𝑋(𝑘)∼𝛽(𝑘,𝑛−𝑘+1).
  4. 如果一个基因一共在n个样本内出现,则其排名向量内有n个排名,所以假设检验后也会获得n个p值。取其中最小的p值来代表这个基因。称之为rho score。Rho score = min (pij)
  5. Rho score不是精确的p值,当总的基因数不是很多(~100)的时候,原文建议可以使用bonferroni校正rho score,得到的padj很接近p值的上界。

参考资料

  1. 「R」Robust Rank Aggregation 算法介绍 - 云+社区 - 腾讯云
  2. Robust rank aggregation for gene list integration and meta-analysis
  3. 排名聚合之前的常用算法:[技术博客] 较科学的排名算法介绍与实现 - 提不起劲想赶紧完工 - 博客园
  4. 博士论文:跨平台芯片数据整合分析挖掘胃癌潜在关键基因构建预后评估模型及其生物学功能研究 2.2.4
  5. 数理统计4:均匀分布的参数估计,次序统计量的分布,Beta分布 - 江景景景页 - 博客园
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 205,033评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,725评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,473评论 0 338
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,846评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,848评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,691评论 1 282
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,053评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,700评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 42,856评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,676评论 2 323
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,787评论 1 333
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,430评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,034评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,990评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,218评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,174评论 2 352
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,526评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容

  • 什么是组间差异检验?就是组间的差异分析以及显著性检验,应用统计学上的假设检验方法,检验组间是否有差异及其差异程度。...
    周运来就是我阅读 295,686评论 5 273
  • 我是黑夜里大雨纷飞的人啊 1 “又到一年六月,有人笑有人哭,有人欢乐有人忧愁,有人惊喜有人失落,有的觉得收获满满有...
    陌忘宇阅读 8,520评论 28 53
  • 首先介绍下自己的背景: 我11年左右入市到现在,也差不多有4年时间,看过一些关于股票投资的书籍,对于巴菲特等股神的...
    瞎投资阅读 5,654评论 3 8
  • ![Flask](data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAW...
    极客学院Wiki阅读 7,229评论 0 3
  • 不知不觉易趣客已经在路上走了快一年了,感觉也该让更多朋友认识知道易趣客,所以就谢了这篇简介,已做创业记事。 易趣客...
    Physher阅读 3,407评论 1 2