tip：昆虫，水生动物基因组杂合度较高。
植物基因组组装的挑战
gene family，tandem replicates，polyploid，genome size，high heterozygosity，clustered located repeat，high repeat content
Genome survey
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kmer评估基因组大小和基因组杂合度
M=N*（L-K+1）/L
M：kmer peak；N：real sequencing depth；L：read length；K：kmer length
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杂合度和重复度的评估
基因组注释之后将外源污染序列识别并去除（kmer低频区）：比对
重复序列的特征：真核/原核
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2019/4/30
基因组学分析与实践
基因组组装
resequencing genome
de novo assembly
de bruijin(k-mer）
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动物基因组intron普遍偏长，可以采用unigene
基因组拼接评估：
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depth VS coverage
基因结构及功能注释
蛋白，rna，软件预测三种都有的最准确
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三代测序应用
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泛基因组(pan genome）
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优先保证样品纯度和质量
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三代测序没有scaffold，单向测序。
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DNA测序成本更低• 可应⽤于更加复杂的基因组• 解决⼤⽚段的结构难题• PCR-free，No GC-bias • 更⾼的N50、contigs数量更少、99.999%的准确率;
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