《中华人民共和国建筑法》（2011年修正）第六十四条规定“违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。”
《建设工程质量管理条例》（2017年修正）第五十七条规定“违反本条例规定，建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准，擅自施工的，责令停止施工，限期改正，处工程合同价款百分之一以上百分之二以下的罚款。”
《建筑工程施工许可管理办法》（2018年9月28日住房和城乡建设部令第42号修正）第十二条规定“对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。”
根据上述法律法规规章的规定，对建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准，擅自施工的违法行为，均要求违法企业承担停止施工、限期改正和罚款的法律后果。对于上述违法行为能否补办施工许可证没有明确规定。
但是，原建设部办公厅《<关于补办施工许可证有关问题的请示>的复函》（2004年）明确，“对工程主体已完工的项目的处理意见：(一)必须依法处罚；(二)依法处罚后，同样需要补办施工许可证；(三)补办施工许可证必须坚持符合《建筑法》第八条第一款、第二款、第五款、第七款和对已实施的施工图设计文件进行审查并符合法定要求的，特别是要确保工程质量和安全，才能补办施工许可证。”
综上，对建设单位未取得施工许可证，擅自施工的违法行为，在依法实施行政处罚后，对符合法定条件的可以补办施工许可证。