在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法，发现将小鼠的基因转成人的同源基因即可做。
这篇文章主要是使用biomart包的数据来进行转换的。通过下载两两物种的ID对应关系，然后写个代码替换就可以了。
1、首先打开下载页面
http://asia.ensembl.org/biomart/martview/b9f8cc0248e4714ba8e0484f0cbe4f02
2、选择对应基因组
3、选择属性
4、选择对应orthologs的物种（根据首字母）
5、最后下载
保存为
mouse_human.txt，并修改文件header为human_id human_gene_name mouse_gene_name mouse_id
转换的代码：(输入的文件第一列是小鼠的gene symbol，大家根据自己的数据情况改代码~)
#!/usr/bin/python
# -*-coding:utf8 -*-
__author__ = 'myshu'
import sys
import os
import re
import argparse
sys.path.append(os.path.dirname(os.path.abspath(sys.argv[0])))
def rename_gene(ref, input_file, output_file):
'''
小鼠的基因name转成人的ortholog基因
@param ref: 小鼠-人的ortholog基因对应表
@param input_file: 输入文件，第一列为小鼠gene_name
@param output_file: 输出替换后的文件
@return:
'''
ref_file = os.path.abspath(ref)
input_file = os.path.abspath(input_file)
output_file = os.path.abspath(output_file)
ref = {}
for line in open(ref_file, "r"):
# human_id human_gene_name mouse_gene_name mouse_id
line = line.strip()
line = line.split("\t")
gene_syb = line[2]
gene_id = line[1]
ref[gene_syb] = gene_id
fh = open(output_file, "w")
num = 0
for line0 in open(input_file, "r"):
line = line0.strip()
line = line.split("\t")
# line.pop(0)
if line0.startswith("\t") or line0.startswith("#"):
fh.write(line0)
fh.flush()
continue
result_id = line[0]
if result_id in ref.keys():
line.pop(0)
fh.write(ref[result_id] + "\t" + "\t".join(line) + "\n")
fh.flush()
num += 1
fh.close()
if num == 0:
print("all genes is pass!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!")
# exit(1)
if (__name__ == "__main__"):
parser = argparse.ArgumentParser(description=' rename mouse gene name to human orthologs gene name')
parser.add_argument('--ref', '-r', required=False, help='biomart sub-database', default=f"mouse_human.txt")
parser.add_argument('--input_file', '-i', required=True, help='sample.exp.txt')
parser.add_argument('--output_file', '-p', required=True, help='"sample.exp.txt_new')
args = parser.parse_args()
rename_gene(**vars(args))
在R代码里面替换代码：
if (species == "Mus_musculus"){
# 小鼠需要转ortholog基因
ref_ortholog <- read.table("mouse_human.txt", header=T,sep="\t")
# 筛选有的mouse基因名称
b <- ref_ortholog[ref_ortholog$mouse_gene_name %in% colnames(iTalk_data),"mouse_gene_name"]
data <- data[,b]
# 替换为人的ortholog基因
colnames(data) <- ref_ortholog[ref_ortholog$mouse_gene_name %in% colnames(data),"human_gene_name"]
}
如有任何建议欢迎评论~~
参考链接：
