皇太极即位后，在政治、经济和军事上实行了一系列的改革，增强了国力。
皇太极在继承汗位的第10年改称皇帝。为了避免汉族人民对历史上的金朝侵略宋朝那段历史的回忆，从而引起对后金民族的仇恨，就在他称帝的这一年，废除了“金”的称呼，改为“大清”又改族名女真为“满洲”，改年号为崇德。国号和族号的改变，同时也是为了符合阴阳学家迷信的五行说，因为朱明属火，原来国号是金，犯火克金的忌讳，现在的新国号“清”和族名“满洲”都带有水，符合水克火，是清灭明的吉祥之兆。
皇太极称帝后，决心夺取全国政权，他先征服了朝鲜，解决了后顾之忧。接着又出兵蒙古，迫使蒙古各部落共奉皇太极为可汗，蒙古被征服后，清朝在军事上取得了从河套向东沿长城线直达辽河平原，对明朝的京城附近地区形成了半包围的战略优势。
熹宗七年的时候，皇太极率兵进攻宁锦防线。但在这时，明朝负责防务东北边境的守将袁崇焕已经重新经营锦州等一些城市，又大兴屯田，采取一些有利的措施，把丢弃的土地已经一一收复。皇太极率兵进攻，受到袁崇焕的有力抵抗。他们攻不下锦州，就转攻宁远等地，结果受到了明军红夷大炮的轰击，死伤惨重，只得回去。
崇祯二年十月，皇太极又亲自率军入塞劫掠。这一次，他知道袁崇焕在宁锦那里，关外诸城难攻，经绕过袁崇焕的防区，不从山海关那里进攻，而是取道蒙古，以蒙古为先导，从喜峰口（河北迁西县与宽城县接壤处）入关，攻陷遵化，直抵北京城下。这时，袁崇焕从千里之外前来救援，但当时北京城中流言蜚语，说袁崇焕拥兵纵敌，一些官员甚至诬陷他“引敌胁和”，要与后金订立“城下之盟”。多疑的崇祯皇帝听了这些流言后，心里就有了几分的怀疑。
皇太极想利用崇祯皇帝这种猜疑的毛病，用借刀杀人之计，除掉袁崇焕这个劲敌。于是就造谣说袁崇焕和他密有成约，并且故意让一个被俘虏的明朝宦官知道，放他逃回去报告给崇祯皇帝。结果崇祯皇帝就深信不疑了，把袁崇焕逮捕凌迟处死。
崇祯皇帝杀了袁崇焕，等于自毁长城，为清兵的进关去了一大障碍。
袁崇焕被捕后，部将祖大寿疑惧不安，就引兵自去了。皇太极在北京城下斩兵杀将，并在撤兵时攻破了沿途的州县。
从这以后，清兵又多次侵入长城进行骚扰，而且每次入塞都攻州破城，掳走大量金银和人口。其中，在崇祯十一年入侵破坏是最厉害的。这一次，清兵掠夺了河北、山东两个省区，攻破城池50多座，掳获人口40多万，金银也是百万两有余。
皇太极多次入关侵扰，虽然也攻城略地，但却不敢在关内立足，只是劫掠大量人畜财物而去。因为他们所到之处，都遭到人民群众的英勇抗击，而且更重要的是明军仍然控制着山海关和关外的宁远、锦州等一些地区，这样就使皇太极有了后顾之忧，所以不敢就留。
山海关是屏障北京的要塞，而宁远和锦州地区又是山海关的门户。皇太极早有打开山海关，迁都内地的欲望，而他知道实现这一愿望，就必须摧毁宁锦防线，因为宁锦不破，就不能破山海关，而不破山海关，就不易攻取中原。这样，多年来，宁锦地区就成了清军入关前双方激战的战场。
崇祯十四年，皇太极再次出兵进犯，并增强兵力，团团围困锦州，猛烈地发起进攻。七月，明政府派蓟聊总督洪承畴率兵13万援锦州。洪承畴的谋略是以军队保护粮响辎重，有杏山（锦州西南）进松山（锦州南），再经松山入锦州，步步为营，一守卫战。他屡败清军，急得皇太极忧愤不已，在八月间亲自率领他在沈阳的所有兵丁，赶到锦州前去救援。
但是，急躁、刚愎自用的崇祯皇帝却不下密诏，催促洪承畴速战速决，来解锦州之围。兵部这时也担心进行持久战会造成粮饷不敷，就一再促战。这样，洪承畴就不敢再坚持前议，把粮草屯在宁远、杏山以及其他附近的地区，自己只得先率6万人马前行，其余部队随后。明军的骑兵从三面围住松山城，步兵扎营在松山城北面乳峰山。
皇太极率领援军迎战，驻兵在松山与杏山之间，集中兵力打击洪承畴的援军。他派兵打败塔山（辽宁葫芦岛市东南）护粮的明军，夺取明军粮草，又在松山和杏山通道挖了一条很深的大沟壕，隔断了两地的交通，切断了明军从杏山到松山之间的运粮通道。
粮道一被切断，明军的军心开始动摇了，把乳峰山的步军撤到了松山，背城列阵。没过几天，粮草用尽了，这时总兵吴三桂和唐通等一些人率兵突围。皇太极早就料到明军会来怎么一招，就预先把兵埋伏在半路上，等待袭击，后面又派许多追兵。明军满山遍野，一面还击一面撤退，溃不成军地逃亡杏山。皇太极又根据当时的情况，估计蜷缩在杏山的明军一定会逃往宁远，于是又在半路上设伏，明军再次遭到截击，只有吴三桂和王朴两个总兵脱身逃到宁远。这一仗，皇太极又率领清兵歼灭明军5万多人。
那时，在松山城中还有洪承畴和1万多残兵败将，被清军团团围住。他们曾多次试图突围，结果都没有成功，而明朝发来的援兵又迟迟不敢近前，只是在远处张望。
到了崇祯十五年二月，松山被围已有半年之久了，城中的粮食已经吃尽。这时明军的副将夏承德做内应，约清兵攻城。城被攻破后，洪承畴也被俘获了。
皇太极把洪承畴带到盛京（沈阳），就命汉籍的官僚范文程前去劝降。洪承畴见了范文程后破口大骂，示以决不投降。后来，清汉臣范文程见屋顶的灰尘落在了洪承畴的身上，洪承畴怕沾污了自己的衣服，赶紧小心翼翼地用手指弹掉。范文程看到这种情况，就回禀了皇太极说：“洪承畴会投降的，他现在身为阶下之囚，竟对一件衣服尚且如此爱惜，何况是对自己的生命呢。”
第二天，皇太极来到洪承畴的囚室。当时，天气很冷，皇太极脱下了自己身上的貂裘披在了洪承畴的身上，并且和颜悦色地问他：“先生，很冷吧？”洪承畴感激涕零，久久才发出一声叹息：“真命天子啊！”于是就叩头请降了。皇太极非常高兴，就立即赏给他无数的珍宝，并请了许多戏班来表演庆祝。
看到这种情况，清朝的许多将帅都不满地说：“洪承畴不过就是一个战俘，陛下为什么用这样的隆恩对待他？”皇太极没有直接回答他们，反问他们说：“我们之所以披风沐雨，为的是什么？”大家齐声回答说：“为的是夺取中原。”皇太极于是就笑着说：“这好比走路一样，我们都是瞎子，不懂得该往哪里走，现在得了一个领路人，我怎能不高兴呢？”众将帅们听了才恍然大悟，佩服皇太极的深谋远虑。!
后来，明王朝秘密和清兵议和，在议和失败后，皇太极又率领清军入关，掠取了大量财物。直到崇祯十五年，皇太极才暴病亡故，在这之前，他用武力征服了许多地区，直接威胁着明王朝的统治。
