单细胞RNA速率（一）| cellDancer

cellDancer：一种基于模型的深度神经网络（DNN）框架

已知：mRNA的转录动力学由转录速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）决定，未剪接和剪接mRNA之间的平衡可以预测细胞状态。


  1. cellDancer使用DNN预测每个细胞特定的α，β和γ；
  2. cellDancer DNN的关键步骤是定义一个损失函数，并根据每个细胞预测的未来剪接和未剪接mRNA与观察到的邻域细胞之间的相似性来训练DNN；

  3. 以单细胞分辨率推断α、β和γ，而不是现有方法（Velocyto、scVelo等）中使用的批量速率。

参考文献：Nature Biotechnology, 2023, 10.1038/s41587-023-01728-5.

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