第二阶段 南昌、鄱阳湖战役
南昌战役的进展很顺利。宁王像个木偶一样，次次落入王阳明的算计。
得知宁王大举发兵安庆以后，王阳明内部的军事会议尚，很多官员表示应该去救安庆。王明阳说：“现在南康，九江都已经被宁王军队占领，如果我们去救安庆，那么安庆的宁王军队必然分军和我们打，而南康九江的军队也会出动攻击我们的背部，我们腹背受敌，而军队战斗力不如宁王。如果我们现在先攻占南昌，宁王一定会回兵救援。如此则安庆之围自然就解了“。这是经典的围魏救赵了，用起来仍然效果好得很。
于是王阳明指挥军队，汇军樟树镇（今天的江西樟树市），进军丰城。侦察发现宁王在南昌城外驻军，作为南昌的内应。于是王阳明派军队先攻击这支城外的部队，采用的方法是夜袭。战斗非常顺利。这支部队不是被歼灭，而是溃败。溃败的败军退入南昌城，动摇了南昌城的军心。从这次前哨战看，宁王的部队战斗意志不坚决。这个问题在后续的南昌守卫战中还会表现，部分是叛军没有势导致的。第二天黎明，王阳明大军集合攻城。南昌守军乱成一团，据说有的城门都没有军队防守。而王阳明攻城的先锋，是他招降的土匪，战斗力不错。南昌城几个小时就攻破了。
南昌失守之后，宁王的局势更加恶化。摆在他面前的是两个选择，要么放弃南昌，尽快攻下安庆再攻南京，甚至在安庆没有攻下前，就直下南京。另外一个选择，就是回援南昌。宁王的谋士们建议他放弃南昌，集中兵力打安庆和南京。但宁王决定先分兵两万回援南昌，然后自己亲领大军继后。这个计划不见得就如同今天我们看起来的那么糟糕，因为宁王部队家眷都在南昌，打回老家去的部队是很有战斗力的。而且如果南昌没有那么快失守，那么王阳明的军队在南昌城下腹背受敌，不见得就能轻易处理好。所以后人看战役结果非常顺利，并不全是王阳明指挥神奇，宁王脑子不好使，实际上也是南昌守军战斗力惊人脆弱导致的。
王阳明的战役动作是连环一体的，占领南昌以后，他立即安排在鄱阳湖伏击宁王。军事会议又争论了，很多人表示应该据城坚守南昌。王阳明说，南昌是宁王的老巢，里面还有很多他的人，而宁王的军队本来战斗力就不弱，攻南昌打回家乡战斗意志也好，加上他们对南昌城非常熟悉，我们的部队大伙儿是知道的，能守得住吗？不如去鄱阳湖伏击，那样我们先进入战场，就算没有地利优势，至少也不比宁王他们差。
第一次前锋战，王阳明的战役计划是三个要点，一是分兵合击，二是佯败以调动敌军，从而扰乱宁王船队的布置序列，三是多设疑兵，这里一百，那里两百。正面的主力部队也不过才两千人。派出的诱敌部队只安排了四百人，这个可以理解，要显得弱，才能调动宁王的军队主动出击，从而破坏其战斗序列。
战役进行如同王阳明的预料，主力部队伍文定的佯败，有效的调动了宁王船队，使其船队拉开拉散，前后不相及。而王阳明这边各路伏兵齐出，主力直击宁王船队的中部，宁王的前锋部队大溃，退回主力驻地。从战斗规模看，这应该是一次前锋的试探性战斗，各自看看对方的战斗力。
初战不利，宁王决定把南康和九江的军队也调来。而王阳明顺手派出四百人的小分队，去拿下了南康和九江。王阳明的判断是，九江是鄱阳湖的重要外援，而南康可以借道从后面攻击宁王。如果王阳明的评价是对的，那么宁王这个时候撤出南康，就很不明智了。实际上，战场选在鄱阳湖，宁王没有根据地，已经是个败局了。所以伐谋决定了战争的基本势态。
鄱阳湖的战斗还在继续，甚至还很激烈。宁王调派精锐，主动出击，攻打王阳明的主力伍文定。伍文定又败了，这次不是佯败，而是真的退却，伍文定的的胡子都被烧掉了。但是伍文定本人表现惊人的勇敢，他斩杀后退的士兵，判断旗舰位置，集中手上先进的佛郎机火炮，打中了宁王指挥船的副舟。伍文定扭转了战局，取得了战役胜利，抓住的俘虏和杀死的敌军有两千余人。宁王船队的这次进攻被打退了。
遭受失败的宁王，做了一个奇怪的选择，他把所有的船连起来成方形，水上的浮城。连船计在三国时代就已经被曹操演过一次，破法是火攻。宁王的谋臣们不可能这都不知道，那为什么还要这么半呢？大约是宁王被炮中副舟吓坏了，才让战船把自己围起来保护？王阳明没有忘记赤壁大战，他准备了火攻的材料，大清早就四面围住，放火，放炮。这次大战，明史记载是打死数千，淹死两万多，宁王自己也被活捉了。
激烈的战斗进行时，伐谋也在继续，百忙之中，王阳明安排督造了十几万块免死木牌。这些木牌在鄱阳湖战斗中放出去，是瓦解宁王军心的利器。
小结
王阳明平宁王叛乱的结果，大大好于任何人的预料。从战争的过程我们可以看出，宁王的指挥能力实在平庸不说，还步步被王阳明算计，几乎是被牵了鼻子走。这场战争的胜利，首先是谋略的胜利。而这恰恰是王阳明得力于他自己开创的心学的地方。另外，宁王的军队战斗力表现也很差，除了在鄱阳湖战斗的初期出击还比较好以外，其他地方的表示都差，而其中最差的是南昌城防，这也直接导致了宁王战场势太的恶化。
