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你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？
这样？
这样？
或者这样？
想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？
那么就必须提到今天的主角——绘图软件Circos，以圈图形式清晰明了的展示两个脑区之间的连接；灵活性强，可以任意加载数据；颜色亮丽。Circos是如此美丽又强大，却因为安装门槛高劝退了无数心动的研究者，今天就以最最最小白的视角，逐步教大家安装Circos。
Circos简介
官网地址：http://circos.ca/
Circos是一款基于perl开发，起初是用于基因组数据可视化的软件，逐渐衍生到其他领域。作为一款免费软件，它可以轻易地根据纯文本的配置文件，将用户数据的输入数据转化为像素图或者矢量图。
1.下载并解压好安装包
①可从官网下载：
http://circos.ca/software/download/
②或在茗创公众号后台回复‘circos’获取本次示例全部软件包及模块。
2.安装 Strawberry Perl 或者 ActiveState Perl
①通过官网下载：http://www.perl.org
②解压后，双击circos_install_windows文件夹中的strawberry-perl-5.28.1.1-64bit.msi 进行安装
③勾选后点击next
④记住自己的安装路径，点击next
⑤Install
⑥点击Finsh安装完成
注意：整个circos_install_windows文件夹，需要将它放到刚刚安装perl的所在盘。比如Perl安装在C盘，则将circos_install_windows文件夹移到C盘，其安装情况以此类推。（以第④步图中安装路径为例，strawberry文件夹和circos_install_windows文件夹并列在C盘中）
按“WIN+R”键打开运行面板，输入cmd，点击确定；
或者直接搜索cmd打开；
出现以下界面：
然后在控制台cmd中输入测试命令：perl -v，如果能正确输出版本信息，则说明安装成功。
3.配置好相应Perl module模块
Config::General (v2.50 or later)
Font::TTF
GD
List::MoreUtils
Math::Bezier
Math::Round
Math::VecStat
Number::Format，再安装 Statistics::Basic)
Params::Validate
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan (v1.16 or later)
Text::Format
Statistics::Basic（要在已经安装好Number::Format的前提下安装）
SVG
（1）配置方法：（以Config::General为例）
①在cmd中进入Config::General文件夹。
在cmd中输入：cd Config::General文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。
②输入perl Makefile.PL
③再输入gmake
④再输入gmake test
⑤再输入gmake install
安装完毕，接下来依次安装好（除上文标黄Params::Validate和Readonly以外的）剩余模块。
（2）Params::Validate和Readonly配置方法：（以Params::Validate为例）
①在cmd中进入Params::Validate文件夹。
在cmd中输入：cd Params::Validate文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。
②输入perl Build.PL
③再输入Build
④再输入Build test
⑤再输入Build install
依次安装好Params::Validate和Readonly模块。
4.使用circos的示例测试是否安装成功
①在cmd中进入circos下的example文件夹
在cmd中输入：cd example文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。
②输入perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf
（这一步运行时间较长，为正常现象，无需担心哦~）
③如果在当前路径（example文件夹）下生成了如下circos.png及circos.svg文件则表示安装成功。
关于cmd切换当前路径须知:
如果在同一个盘内（如，从C盘a文件夹切换至C盘b文件夹），则输入cd C:\b
（cd和C:\b之间有空格）
如果不在一个盘内（如，从F盘a文件夹切换至C盘b文件夹），则输入cd /d C:\b
（cd与/d之间、/d与C:\b之间有空格）
注意：安装某些模块时可能会出现skipped/系统找不到指定路径等，不影响后续安装则继续操作，安装好所有模块后测试示例，能正常出图即可；
如果无法正常出图，检查每次的操作、路径是否正确等。
在 茗创科技 公众号后台回复‘circos’，可获取本次示例全部软件包及模块。
