场景
两个项目，两个类具有完全相同的包名和类名（Fully qualified name）。
project A
- com.example.project.Example
project B
- com.example.project.Example
由于java debug时只提供了fqn（此处即：com.example.project.Example），IDEA将无法确定命中的断点究竟是具体的哪一个，所以IDEA将会使用工件中排序靠前的那一个。
解决方案
启用如图所示位于"Settings -> Build, Execution, Deployment -> Debugger"的选项“Show alternative source switcher"，命中断点时如果IDEA发现有重名的类，就会提示允许你切换。
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