第一步:建库
1. 添加Z1v2.genome:Z1v2到snpEff.config,任意一行就行;
2. 在data里面新建genomes文件夹,放入基因组文件”Z1v2.fa“;
3. 在data里面新建Z1v2文件夹,放入基因注释文件,并改名为”genes.gff“;
完成后,运行下面脚本:
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Z1v2
第二步:注释
java -Xmx20g -jar /120t/caix/src/snpEff/snpEff.jar ann -c /120t/caix/src/snpEff/snpEff.conf ChiifuV31 ChiifuV3.chr.snp.filtered.vcf.gz > ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#bgzip ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#tabix -p vcf ZChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf.gz