Q:安装包的时候显示各种Permission denied,如无法实现库文件的移动等
A:一般在windows下容易出现,可以将R退出后,使用管理员权限打开R,然后重新安装
Q:安装包时无法移除原来的旧包的信息
A:这种情况有可能是安装程序时当前环境在使用需要更新的包的信息,因此存在占用情况。有三种解决办法,一种是通过detach函数将包卸除环境,然后再重新安装,另一种方法是重启R,还有一种是手动找到R中包的安装路径,将该包手动删除(一般需要重启R,不然会提示包被占用无法删除)
Q:报错:'namespace:BiocSingular'没有出口‘bsparam’这个对象
A:该提示为不存在BiocSingular这个包,从cran或bioconductor下载安装即可
Q:
"Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'normalize_names_replacement_value' not found".
A:该问题只在安装SummarizedExperiment包的时候会出现,在GitHub上有类似的讨论https://github.com/Bioconductor/SummarizedExperiment/issues/37 ,根据描述,貌似是有一个数据格式已经弃用,但是部分旧包没有更新导致的冲突,我没有找到那些旧包支持这类对象,因此使用biocmanager:install()更新了所有的biocductor包,最后解决了问题
Q:安装某个包报错:objects ‘open.ff’, ‘close.ff’ are not exported by 'namespace:ff' 模式为:object "XXX" is not exported by "namespace:viridisLite"
A:方法一、更新包viridisLite,然后再安装,install.packages("viridisLite")
方法二、更新R,有可能是因为R版本问题导致包不兼容,https://d.cosx.org/d/421800-oligo/2
方法三、R包降级,从cran中选择适合低版本R的包版本,然后下载https://community.rstudio.com/t/unable-to-install-bioconductor-package/75223/5