前文已述，魏晋南北朝时期六朝建都南京，这汪湖水也进入了它在历史上的鼎盛时期。那时的作为首都，地位显赫，玄武湖与长江连通，面积是现在的4倍，它成了皇家园林，是封建帝王的游乐之地，并且还成了为实现北伐梦想用来训练水军的场所。
公元588年隋灭陈，自汉末以来续存了四百年的乱世至此终结，中华大地再度统一。
可到了隋唐两代，随着政治中心的北移，南京的城市地位一落千丈，玄武湖也被冷落，不再像六朝时那么重要。
然而就在隋朝时，玄武湖经历了第一次灭顶之灾。
隋文帝灭了南陈之后，曾下令将南京城夷平，玄武湖就在这个政策下首度消失了两百多年。
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