上一篇讲了条形图基本绘制，
本文来复现文献中的一张图（原图：Antibiotic resistome and its association with bacterial communities during sewage sludge composting）；
图片.png
首先来分析一下上面这张图，双Y轴展示不同的数据，堆积条形图用左边Y轴，上方的两条点线图用右边的Y轴，最下面是条形图图例，中间部分有点线图的图例；
如此下来，一个图层是肯定不行了，个人认为至少需要两个图层叠加，
- 堆积条形图和x轴，左边的y轴，以及堆积条形图的图例属于一个图层；
- 点线图和点线图的图例，以及右边的y轴是一个图层；
当然，你还可以拆分，比如图例也是单独图层添加，没有问题，但是那样就麻烦了，需要考虑布局，绘图区域大小等问题；
因为我没有仔细阅读文章，不清楚绘图的数据是否在文章中都提供了，自己随便生成点数据吧：
mypar <- par(no.readonly = T) # 保存par的默认参数
set.seed(200) #设定随机数
library(RColorBrewer) #加载颜色面板
mycol<- brewer.pal(7,"Set1") #存储颜色向量
数学 <- round(runif(7,50,100),3)
语文 <- round(runif(7,50,100),3)
英语 <- round(runif(7,10,100),3)
生物 <- round(runif(7,70,100),3)
物理 <- round(runif(7,60,100),3)
地理 <- round(runif(7,80,100),3)
历史 <- round(runif(7,50,100),3)
myframe <- data.frame(数学,语文,英语,生物,物理,地理,历史)
mymatrix <- t(as.matrix(myframe))
mysum <- apply(mymatrix, 2, sum) #计算每次模拟总成绩
ratio_shuexue <- mymatrix[1,]/mysum #计算每次模拟数学成绩所占比例
ratio_dili <- mymatrix[6,]/mysum #计算每次模拟地理成绩所占比例
moni <- c("模拟1","模拟2","模拟3","模拟4","模拟5","模拟6","模拟7")
数据就是这个样子：
数学 语文 英语 生物 物理 地理 历史
1 76.689 54.825 44.489 72.962 61.225 91.211 84.584
2 79.188 76.191 37.657 76.198 80.857 83.571 58.808
3 79.479 61.768 61.009 97.670 70.550 99.446 97.624
4 84.552 72.718 21.861 79.583 66.642 89.875 84.451
5 83.367 82.463 92.996 77.960 79.323 89.719 57.890
6 91.965 57.686 68.170 91.521 73.029 91.737 78.811
数据生成完，画第一个图层；
par(mar=c(5,4,6,5)) #设置绘图区域边界
mybar <- barplot(mymatrix,col=mycol[1:7],space = 0.5,axes = F,names.arg = moni,cex.names = .8,xlim = c(0,11),ylim = c(0,800)) #绘制条形图
par(xpd=T) #确保绘图区域外部能添加元素
legend(1,900,legend = colnames(myframe),fill = mycol[1:7],border = F,ncol = 7,cex=.8,x.intersp = .2,y.intersp = .5,text.font = 1,bty = "n",text.width = .3) #添加条形图图例
axis(side = 2,at = seq(0,800,400),cex.axis=.8,line = -2) #添加左坐标
图片.png
其中par 中mar参数需要个人根据后续要添加的点线图不断尝试，以及图例的摆放高度，（这个在每个人的电脑上展示的图片效果可能不一样，代码可以照搬，但注意要修改一些布局参数）。
添加第二个图层；在这里尝试很多遍，发现两个图层不能完成，想着添加一个图层，然后添加两条线，发现一直调整不好，没有办法，每条点线图我们添加一个图层，这样这个图需要三个图层来完成了。。。
par(new=T) #添加新图层
par(mar=c(3.5,4,6,4)) #设置绘图边界
plot(mybar,ratio_shuexue,type="b",axes=F,ann=F,xlim = c(0,11),ylim = c(0,0.18),col='black',lwd=2,pch=19)#添加数学点线图
图片.png
第三个图层我们添加另外一条线；保持两个点线图的par和mar一致；
par(new=T) #添加新图层
par(mar=c(3.5,4,6,4)) #设置绘图边界
plot(mybar,ratio_dili,type="b",axes=F,ann=F,xlim = c(0,11),ylim = c(0,0.18),col='red',lwd=2,pch=19) #添加地理点线图
图片.png
最后把右边的Y轴，点线图图例，坐标轴标题都添加上；
axis(side = 4,at = seq(0,0.18,0.02),cex.axis=.8,line = -3) #右坐标轴
legend(0.1,0.15,legend = "数学比例",col="black",bty="n",pch=19,x.intersp = .3,lty=1,lwd=2) #添加数学点线图图例
legend(0.1,0.14,legend = "地理比例",col="red",bty="n",pch=19,x.intersp = .3,lty=1,lwd=2) #添加地理点线图图例
mtext("分数",side = 2,font = 2,cex=1) #坐标轴标题
mtext("百分比",side = 4,font = 2,cex=1) #坐标轴标题
par(mypar) #恢复默认设置
图片.png
ok，最终图出来了，并不是和文献中的一毛一样。。。
总结：只看不动手是不行的，动起手来就发现，绘图过程中布局很难控制，需要不断调整参数测试。
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