新手 tips

赋值 -> x
括号必须带，且必须是半角
向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串
表格就是 R语言里的数据框
帮助文档 ?read.table
数据类型:

** 向量(vector) **
** 数据框 (Data frame) **
矩阵(Matrix)
数组 (Array)
list

Part 1 向量

1. 标量和向量的区分

元素: 数字或字符串
- 标量: 一个元素组成的变量
- 向量:多个元素组成的变量
  - 一个向量是一排有序排列的元素，有时回把一个向量作为数据框的一列

赋值:给一个变量一个数值或者字符串、数据框等
- 赋值会被覆盖
点右上角environment 可以看到被赋值了的变量

2.从向量中提取元素

提取方法
(1) 根据元素位置

x[4] #x第4个元素
x[-4] #排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4] #第2到4个元素
x[-(2:4)] #除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
 --来自生信星球--

(2)根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
--来自生信星球--

Part 2 数据框

从生信星球公众号后台下载数据，通过 xftp 传到 R 服务器。
通过网页端打开 Rstudio，setwd(dir = “R/example_data”)，更改工作目录到数据储存的位置
X<-read.csv(’doudou.txt ‘) 读取此数据框，赋值给 X

1、读取本地数据

read.table(file = “huahua.txt”, sep = “\t”, header = T)
a<-read.table(file = “huahua.txt”, sep = “\t”, header = T )

read.table #读取表格
sep #以什么为分割(这里\t 代表制表符)
header #是否有表头

2、设置行名和列名

X<-read.csv(’doudou.txt ‘) #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X)  #查看列名
rownames(X)  #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X) [1]<-“bioplanet” #有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = “huahua.txt”,sep = ” “,header =T,row.names=1) #最后row.names的意思是修改第一列为行名
--来自生信星球--

3、数据框的导出

write.table(X,file = “yu.txt”sep = “,”,quote=F) #分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
- quote #是否有引号
--来自生信星球--

4、变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file=”bioinfoplanet.RData“) #保存当前所有变量
save(X,file=”test.RData“) #保存其中一个变量
load(”test.RData“) #再次使用RData时的加载命令
--来自生信星球--

5、提取元素

 #这里的X是的刚才的变量名，实际应用要懂得替换。
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
--来自生信星球--

6、直接使用数据框中的变量

做散点图

options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(case=paste0(“S”,1:9),values=runif(9))
plot(a$case,a$values)
--来自生信星球--

stringsAsFactors #将字符串作为元素
case，values #给列的命名（自己想的）
a$case （变量a中[a是一个数据框]的case这一列）
a$values （同上）

其他实现方法
一、attach
原理:把数据框名添加到搜索环境中，这样直接输入列名，就可以少输入变量名和$符号

attach(a)
plot(case,values)

二、with
原理: with，如其名。

with(a,{
 plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x
--来自生信星球--

作业

save(X,file=”test.RData“)
如果报错:

object X not found

原因:
环境中应该是没有 X 这一变量的，检查右上角 environment 进行确认。
需要重新引用或者给 X 重新赋值。

生信学习小组day5数据结构—Mr.Possibility