左宗棠收复新疆后，1884年清朝政府在西域建立新疆省，从此在中国历史上存在2000多年的西域，在历代通关文牒，官司文书中把玉门关以西，天山南北巴尔喀什湖以东以南，葱林以西的地方称为西域（小西域，大西域指包括今天的新疆及其以西至罗马，南至印度半岛，北至叶塞尔河。）的这个名称一去不复返。清政府规定在新疆建省以后，只能使用“新疆”一名，其他的什么西域、塞外等名称不再使用，历史上的张骞出西域、大唐西域记、长春真人西游记这些脍炙人口，少儒皆知的故事都是跟西域这个名称有关，那为什么清政府不再使用传承了2000多年的西域一词名称呢？

清政府之所以改"西域"为"新疆"，是从两方面考虑的：

一方面，乾隆平定完准噶尔叛乱和大小和卓叛乱后，清政府的政令终于可以通行于全中国，完成了清朝前期几代皇帝统一中国的任务。作为十全老人的乾隆皇帝为此十分自负，将由自己最后确立清政府统治的地区称作"新疆"，清政府平定准噶尔部的叛乱以后，将古称西域的天山南北地区统一称为"新疆"。

左宗棠历经千辛万苦从阿古柏手中收复新疆南北，又从沙皇俄国手中收复了伊犁的大部分领土。他极力的向慈禧主张在收复的土地上建立行省，他在奏折中写道:"他族逼处，故土新归"。