作者:刘绵宇
接触遗传育种这个方向大概有一年了,写一下自己觉得有帮助的课程,同时推荐一些感觉好用的软件吧。
首先推荐慕课学习网,这是一个很优秀的学习网站,大多数课程往往都是发出学校的明星课程,很值得一看。
对于我们来说,其中几门课是比较有帮助的。
我比较推荐的是《家畜育种学》,每节课程大概只有十分钟左右,这对于前期形成一个育种的概念是比较有帮助的,有一些重要的参数需要关注:育种值、遗传力、方差组分等。这里b站有两个这个课程的版本:
https://search.bilibili.com/all?keyword=%E5%AE%B6%E7%95%9C%E8%82%B2%E7%A7%8D%E5%AD%A6&from_source=nav_search_new
第二个是课堂实录版本可能更详细一些。
关于软件我们目前使用最多的还是R语言,这里套用一个牛人的评论:“R语言可以比作独孤九剑。 函数还有包都是写好的,直接用就可以了,功能强大. 就像独孤九剑, 学起来不需要任何基础,学会之后很强大, 破刀式, 破剑式, 破枪式等等, 可以应对很多问题。”
但是一开始接触R语言的时候还是要掌握一些基本的概念,分清哪些是刀,那些是剑。这个很重要,一开始一些基本需要打好,这里推荐b站的一个R语言初级课程,https://www.bilibili.com/video/BV1yt411y769?p=2
看完这个应该对基本的数据类型,一些包的使用有个了解。但在以后的学习工作过程中我们接触到的代码可能会愈加复杂,这里推荐学习一个R包,data.table,这是一个很强大的包,相关教程在老师的博客中记录,我这里推荐使用虾的数据集结合老师线性混合效应模型去联系理解,在这个过程中去了解我们所计算的东西,我们计算的目的,感觉是一个有效途径。
关于书籍我还是推荐《Selective breeding program in Aquaculture》,可以结合《Selective Breeding in Aquaculture_ An Introduction》来看,这两本书互为补充,前者可能比较枯燥,后者应该更容易一些。这里有些知识可能很难理解,需要进一步的沉淀才能有所收获,同时分享一个大牛的网站,也作为一个补充材料的参考,https://jvanderw.une.edu.au/ 其中研究生课程中关于动物育种线性模型的材料是很宝贵的。有些细节需要慢慢积累,这是一个不断学习的过程。
关于文献,我觉得可以从看一些师兄师姐们写在简书中的笔记,但是也仅是做为参考,一定要多去读英文文献。由于自身的散漫,到这里也没有其他感觉中肯的提议了,接下来介绍些软件,便于我们更好的完成工作。
浏览器:我第一推荐谷歌浏览器,较快的速度,丰富的插件,可以的话注册一个谷歌账号,是很便捷的,但如果你想省事一些,我也推荐火狐浏览器,也不逊于谷歌。
杀毒软件:其实如果没有重要的数据,没有杀毒软件也是可以的,win10自带的defender也足够了,如果要安装的话我推荐 火绒 ,相对来说不会占用太多的内存。简洁功能齐全。
微软全家桶:尤其是最近的使用让我感觉微软真的是办公利器,这里我建议利用好 one drive ,它是一个大小为 5g 的云盘,和所有微软软件相通,例如:将word保存在云盘同步,这可能省去我们一直担心保存的麻烦,one note 是一个记笔记的软件,和one drive 同步,我感觉相当好用。计划软件 to do 也是强力推荐。
思维导图:并不需要很复杂,xmind就足够了。
pdf阅读器:推荐 adobe acrobat 速度快,和OneDrive相连,比较流畅。
文件查找:everything
文献管理:目前我在用的是 note express 也是可以同步OneDrive,
文献翻译:知云
最后关于r语言在本地使用时最好是独立一个盘,不同的项目分别为一个大文件,假如路径比较混乱,初学r时可能会很困扰,习惯了再使用服务器会更好一些。
21.1.8 更新
之前感觉note express 不是很简洁,最近在用Zotero,感觉还不错。
翻译软件:DeepL
语法插件:Grammarly
21.1.9 更新
感觉挺久没有写简书了,好习惯要保持,也要提高效率。
新的一年,需要改变。
21.1.15 更新
接触育种已经一年半了,总的体汇是自己浅尝辄止,面对一些问题的时候满口胡诹,不能从问题的原理出发,究其原因是自己对于基础理论的发怵,至此,我意识到基础理论是迈不过去的坎,是绕不过的河。