-1.psRNATarget
http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/
一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具，发表在核酸研究上。
0.TAPIR
一个在线的植物micRNA的靶基因预测工具。
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/
1.miRBase
2.miRecords
http://mirecords.biolead.org/
动物 miRNA 的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.
3.PMRD
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
PMRD是一个关于植物MicroRNA 数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。
4.CoGeMiR
5.MicroRNAdb
http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php
MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。
6.miRWalk
http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/
miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。
7.TarBase
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/
TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。
8.miRGator
http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html
miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。
9.miRGen
10.miRNAMap
11.Vir-Mir
http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi
Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。
12.ViTa
13.ASRP Database
http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/
ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。
14.miRNApath
http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php
miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。
15.miRex
http://miracle.igib.res.in/mirex/
miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。
16.PolymiRTS
http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.
17.SeqBuster
http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/
一个生物信息学在线工具，通过高深度测序来研究miRNA的变异。
18.WMD3
http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi
用于设计人工的miRNA
19.TargetScan
20.microRNA.org
21.PicTar
22.RNAhybrid
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/
RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.
23.microInspector
http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/
microInspector提供miRNA结合位点的预测。
24.TripletSVM
http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/
TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序.
25.TransmiR
26.miR2Disease
http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp
miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息.
27.S-MED
http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php
S-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。
28.PMRD
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
植物microRNA数据库
29.deepBase
30.starBase
31.PITA
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。
32.RNA22
33.miRTarBase
34.miRanda
http://www.microrna.org/microrna/home.do
miRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以碱基互补(如A=U,G=C等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错 配，为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数(5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱 基得分值相加作为碱基互补得分)。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为 miRNA总长)位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。
35.DIANA-microT
36.RNAhybrid
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/
RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间 形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA二 级结构预测软件诸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明显的速度优势。此外，RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的 偏向，如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等。