组织细胞RNA提取实验中的常见难题解析

组织细胞RNA提取是分子生物学研究中最常见的一类实验,但很多同学特别是刚进实验室的研究生,做这个实验时,仍会遇到这样或那样的问题。针对该实验中的一些常见问题,我们整理了一份清单和解决方案,供大家借鉴参考。

1、组织/细胞样本如何进行前处理?

组织/细胞样本的前处理非常重要,处理不当则会影响RNA提取效果:

组织样本:取说明书建议量的组织,用液氮研磨为粉末后进行RNA提取(或直接在生理盐水中将组织匀浆为细胞悬液);

细胞样本:a.贴壁细胞,需先用胰酶消化,处理为细胞悬液,离心去上清,再加入生理盐水振荡至细胞悬浮;b.悬浮细胞,离心去上清,再加入生理盐水振荡至细胞悬浮。

2、RNA得率低怎么办?

评价RNA得率是否低时,研究者首先需对样本本身能够提取的RNA量有正确的预估,因为不同细胞或组织中的RNA丰度是不同的,如肝脏,胰腺,心脏等是高丰度组织(总RNA含量2-4μg/mg),脑,胚胎,肾脏,肺,胸腺,卵巢等是中丰度组织(总RNA含量0.05-2μg/mg),膀胱,骨,脂肪等是低丰度组织(总RNA含量<0.05μg/mg);

其次,再从提取层面上考虑改进:

① 确保组织/细胞量在试剂盒规定范围内。超过此范围会导致样本无法充分裂解,影响RNA释放;样本量过少则直接影响提取的RNA总量;同时,研究者也要注意样本和试剂的搭配比例问题。

② 选择裂解能力强的裂解液。组织/细胞样本是否被充分裂解将直接影响RNA的提取得率,尤其是一些难以裂解、核酸含量本来就少的样本,如部分脂肪含量较高的组织、纤维组织等等,这些样本如果不能被充分裂解,其中的RNA便很难被释放出来,对于RNA含量本来就低的样本更是如此,因此需要选择具备充分裂解能力的裂解液。建议选择市面上在核酸提取领域深耕多年,技术可靠的生物试剂厂家,如Qiagen、BIOG等品牌,均拥有专利的裂解液配方,能够帮助充分彻底的裂解各种组织、细胞样本,有效提高RNA产量。

③ 选择吸附能力强的核酸吸附膜。核酸吸附膜的关键作用是吸附游离形态的核酸,其吸附能力越强,得到的RNA产量就越高。普通国产吸附膜较厚,吸附能力一般,BIOG使用的是进口离子膜,做到吸附膜更薄的同时吸附能力更强,有助于提高RNA得率。

3、如何提升RNA纯度?

Ø、使用消化能力强的复合消化液。组织/细胞样本中往往含有大量的蛋白质,释放出的RNA也会被蛋白所包裹,可以选择具备多重消化技术的复合消化液来处理这类蛋白污染。

Ø 、选择去污能力强的洗涤液。组织/细胞样本中的蛋白污染被消化只是第一步,想要彻底去除,还需要通过洗涤液的洗涤作用,建议选择BIOG的高效去污洗涤液,其中含有高效去污因子,洗涤掉蛋白的同时,也可将色素、脂质等污染一并去除。

Ø 、避免次生污染。在RNA提取过程中,环境中或仪器上附着的DNA、蛋白质、多糖和有机化合物等污染物可能会影响RNA的纯度,研究者需保持实验室操作的严谨性,使用专门用于RNA提取实验的器皿,避免与DNA样本、试剂或器皿的交叉污染。

4、RNA降解会有哪些原因?

1)提取的样本不新鲜或新鲜组织取出后没有马上处理或冷冻;

2)处理样品的量太大;

3)待提取RNA的样本没有保存于-70℃至-80℃,而保存在了-5℃至-20℃;

4)细胞在用胰酶处理时过度;

5)枪头或离心管未经RNase去除处理;

6)电泳时使用的甲醛PH值低于3.5。

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