是的，本篇不讲解软件的安装使用，因为网上的教程已经非常多了。
但是有关rMATS的输出结果，网上的教程都很少提到，结果应该怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老师或同学们拿到结果后，非常抓狂，因为不清楚文件内容的含义，因为官网上也没有给出详细的结果说明。
为此，我们在本篇对rMATS的结果内容项作了梳理，解决这个问题，给大家提供一个参考。
rMATS评估可变剪接，使用注释文件中的外显子（exon）位置信息，并结合测序数据和基因组比对结果计算各外显子的表达状态，推断可能的外显子可变剪接状态。
首先来看可变剪接的5种模式。
SE，外显子跳跃，指一个外显子从初始转录物上被剪切掉。
A5SS，可变5’剪接，它们的3’端剪接位点一致但5’端剪接位点不同，产生不同长度的5’端外显子。
A3SS，可变3’剪接，它们的5’端剪接位点一致但3’端剪接位点不同，产生不同长度的3’端外显子。
MXE，可变剪接形成两种不同的转录本，两转录本之间相同的外显子称为constitutive exon， 不同的外显子称为inclusive exon，两个inclusive exon不能同时存在同一转录本。
RI，内含子保留，在一些转录本中内含子不会被剪切掉，保留在最终的转录本中。
SE*
以该名称开头的文件，记录了基因组中的SE剪接事件。
文件中，前几列记录了可变剪接事件的位置信息。
GeneID、geneSymbol，发生可变剪接的基因id和名称。
chr、strand、exonStart_0base、exonEnd、upstreamES、upstreamEE、downstreamES、downstreamEE，记录了发生可变剪接的位置信息，包含所在染色体、正负链、剪接位点等。在SE模式下，upstreamexon和downstreamexon拼接在一起，skipped exon被剪切掉。
随后的几列，与该剪接事件的可信度有关。
IJC_SAMPLE，记录了支持skipped exon被保留（外显子包含）的相关reads数，这意味着该外显子在剪接后将出现在最终加工的mRNA转录物中。
SC_SAMPLE，记录了支持skipped exon被剪切（外显子跳跃）的相关reads数，这意味着该外显子在可变剪接过程中被切除，不出现在最终加工的mRNA转录物中。
我们可知，如果该剪接事件比较可信，则理论上SC_SAMPLE中的数值应当更大，IJC_SAMPLE中的数值应当较小，否则，没有有效的证据支持可变剪接（skipped exon被剪切，外显子跳跃）的发生。
如果存在多组，则分别以IJC_SAMPLE_1、IJC_SAMPLE_2等命名，以分别显示各组数据中，支持剪接事件的reads数量。
如果每组中存在多个重复，则该列的数据中包含多个值，每个值对应一个样本，以逗号分隔。
当然，除了reads支持数量，还要考虑外显子长度的问题，因为更长的转录本往往对应了更多的reads count值，还需要根据支持reads数量及外显子长度，对有效reads标准化。
IncFormLen和SkipFormLen分别对应了外显子是否被剪切所产生转录本同工型的有效长度。IncFormLen，外显子包含同种型的有效长度；SkipFormLen，外显子跳跃同工型的有效长度。
最后几列，即为综合考虑支持剪接事件的reads数量，以及外显子剪接后的长度，所得的统计指标。
PValue，可变剪接事件的p值，p值越小约可信。
FDR，校正后的p值，越小越可信，一般取FDR<0.05作为阈值。
IncLevel，根据剪接事件所产生同工型的有效长度以及支持剪接事件的reads数量计算，结果反映了样本的最终mRNA转录本中平均包含各自外显子的频率的信息。与上述IJC_SAMPLE等类似，如果存在多组，则分别以IncLevel1、IncLevel2等命名。
IncLevelDifference = IncLevel1 - IncLevel2，结果可反映不同样本组间，可变剪接事件的差异程度。
A5SS*和A3SS*
以该名称开头的文件，记录了基因组中的A5SS、A3SS剪接事件。
除了以下位置信息，A5SS、A3SS中有所不同。
其它列的信息，两种文件中的结构与上述SE结果文件中的结构相同，各列信息所代表的含义大致一致，参考上述即可。
MXE*
以该名称开头的文件，记录了基因组中的MXE剪接事件。
结果文件中，关于MXE剪接事件所涉及的位置信息，如下所示。
其它列的信息，两种文件中的结构与上述SE结果文件中的结构相同，各列信息所代表的含义大致一致，参考上述即可。
RI*
以该名称开头的文件，记录了基因组中的RI剪接事件。
结果文件中，关于RI剪接事件所涉及的位置信息，如下所示。
其它列的信息，两种文件中的结构与上述SE结果文件中的结构相同，各列信息所代表的含义大致一致，参考上述即可。
