研究发现：大约10%左右肠道菌群已经严重失调的人，在服用益生菌的过程中，特别在刚开始前1-4周，会出现病症加重的现象(如腹痛、多气、拉稀加重，皮肤出痘痘比之前更厉害等)，这是为什么呢? 这种现象叫做赫氏消亡反应。这也被称为治愈疾病过程中黎明前的黑暗，这些副反应是好信号，说明益生菌起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
赫氏消亡反应：益生菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的战争，细菌们或者转移阵地或者被战死。有害菌为了存活会释放比平时量更多毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗益生菌。而这些毒素在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状。所以有这些副反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。坚持服用益生菌几天到一周后，症状开始慢慢好转直至康复。继续研究发现这种现象产生的原因其实是由于有害细菌死亡的过程中会释放一些毒素，从而导致症状加重。
极少数人由于健康肠道菌群已经被破坏得很厉害，赫氏消亡反应就可能就会很厉害。如果赫氏反应太厉害(如念珠球酵母菌和艰难梭菌感染者)，身体可能难以承受，可以采取的方法是将益生菌的摄入量减半，服用1周，停3-4天。这样经过几个循环，逐渐增减益生菌的摄入量。国外专家已经用这种方法通过益生菌治疗好了一部分念珠球酵母菌或艰难梭菌的感染者。
另外，请注意在服用益生菌的时候是否一下子摄入了过多的膳食纤维。如果您一下子就食用过多的膳食纤维，如全谷食物、蔬菜皮等，会促进肠道益生菌突然间大量繁殖，有害菌大量死亡释放毒素，肠道难以一下子适应这种情况。此时，可以减缓改变饮食的速度。
