bcftools根据样品拆分vcf文件

  • 文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.list
SYH10
SYH11
SYH12

文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件


image.png
  • 利用bcftools提取DB_sample.list中的样品的vcf文件
bcftools view  -S DB_sample.list samples.gatk.con.snp.12.vcf -O v -o samples.gatk.con.DB.snp.vcf

结果


image.png
  • 计算Pi值
vcftools --vcf samples.gatk.con.DB.snp.vcf  --window-pi 1000  --out samples.gatk.con.DB.snp.vcf
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