生信技能树作业和习题&R语言初级练习题

1、打开 Rstudio 告诉我它的工作目录。

getwd()
新建6个向量,基于不同的原子类型。(重点是字符串,数值,逻辑值)

QQ截图20190419100812.png

告诉我在你打开的rstudio里面 getwd() 代码运行后返回的是什么?

新建一些数据结构,比如矩阵,数组,数据框,列表等重点是数据框,矩阵)

在你新建的数据框进行切片操作,比如首先取第1,3行, 然后取第4,6列

使用data函数来加载R内置数据集 rivers 描述它。并且可以查看更多的R语言内置的数据集:https://mp.weixin.qq.com/s/dZPbCXccTzuj0KkOL7R31g

下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP133642 里面的 RunInfo Table 文件读入到R里面,了解这个数据框,多少列,每一列都是什么属性的元素。(参考B站生信小技巧获取runinfo table) 这是一个单细胞转录组项目的数据,共768个细胞,如果你找不到RunInfo Table 文件,可以点击下载,然后读入你的R里面也可以。

下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229 里面的样本信息sample.csv读入到R里面,了解这个数据框,多少列,每一列都是什么属性的元素。(参考 https://mp.weixin.qq.com/s/fbHMNXOdwiQX5BAlci8brA 获取样本信息sample.csv)如果你实在是找不到样本信息文件sample.csv,也可以点击下载

把前面两个步骤的两个表(RunInfo Table 文件,样本信息sample.csv)关联起来,使用merge函数。

基于下午的统计可视化

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