这两日出现了很多次core dump，表现为qstat正常，但是在e文件中出现报错，且出现core文件。很大可能是因为 $LD_LIBRARY_PATH的错误。
一、安装MACS2
打算用pip安装。pip install MACS2
注释：这是第三个用pip安装的软件了，之前还有cutadapt和multiqc。但是失败了。。
ERROR: Command errored out with exit status 1:
command: /data/software/anaconda3-202007/bin/python /data/software/anaconda3-202007/lib/python3.8/site-packages/pip install --ignore-installed --no-user --prefix /tmp/pip-build-env-5kfedc4c/overlay --no-warn-script-location --no-binary :none: --only-binary :none: -i https://pypi.org/simple -- pip 'setuptools>=41.2' 'numpy>=1.17' 'cython>=0.29' wheel
cwd: None
下载到本地电脑
https://files.pythonhosted.org/packages/e2/61/85d30ecdd34525113e28cb0c5a9f393f93578165f8d848be5925c0208dfb/MACS2-2.2.7.1.tar.gz
再上传到服务器
运行：
tar -zxf MACS2-2.2.7.1.tar.gz
python setup.py install
于是增加了安装目录：
python setup.py install --prefix=/data/zds209/.local因为安装cupadapt的时候已经把这个路径：~/.local/bin设定为环境变量里啦。所以这次直接就有啦，不需要再添加path了。
二、MACS2使用
project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls id -c
id --outdir $project/bed/
-g是基因组可以是mm，或hs
-n输出文件前缀
-B 输出bgd文件，下游bigwig文件生成所需
--nodel 这个参数，用于双端测序数据
输出文件有这些：# NAME 是使用 -n 设置的输出文件前缀
- NAME_control_lambda.bdg 和 NAME_treat_pileup.bdg
- bdg即为bedGraph格式，可以导入UCSC或者转换为bigwig格式。
-两个bdg文件：- treat_pileup
- control_lambda
NAME_model.r # R代码
NAME_peaks.narrowPeak # BED 6+4 格式
NAME_peaks.xls # 包含 peak 信息的 xls 文件，注意 chrStart 是1-based
NAME_peaks_summits.bed
- BED 格式，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。
-如果想找motif，推荐使用此文件。
大神的教程 https://zhuanlan.zhihu.com/p/90180058，学习ing
