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问题发现
我用 GATK 模块 CombineVariants 合并了 12 个样本的 VCF 文件，之后发现部分位点 FORMAT 字段缺少了 AD 信息。仔细看了一下，这样的位点都是有多个 ALT 的位点。
正常情况下 FORMAT 字段：
GT:AD:DP:GQ:PL
缺失 AD 的 FORMAT 字段：
GT:DP:GQ
GATK 论坛关于此 bug 的记录
有用户发现合并的 VCF 中有 AD 字段无法更新 ，管理员回复原因是多个样本的变异在此位点的 ALT 不一致，合并之后位点的 ALT 由之前的一种变成两种（或更多种），原本 VCF 文件中的 AD 值无法正确表示合并之后的 REF,ALT 测序深度， GATK 也无法计算新的 AD 值，因此就会缺失 AD 字段。
解决办法
用 GATK 模块 CombineVariants 合并多个样本的 VCF 之后，DP 字段是会自动更新的，但是 AD 字段需要重新运行 VariantAnnotator , 根据合并的 GT 和 DP 重新生成新的 AD。
所以多个样本分别 call 变异然后进行合并需要注意这个问题。
