mRNA-seq学习（六）：转录本的de novo组装

1. 组装

$ cat sample.txt
cond_A  cond_A_rep1 /ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286802_1.fastq.gz  /ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286802_2.fastq.gz
cond_A  cond_A_rep2 /ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286803_1.fastq.gz  /ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286803_2.fastq.gz

nohup Trinity --seqType fq --max_memory 20G --samples_file sample.txt --CPU 8 &

2. 结果

按照1.中的参数设置（内存和CPU）和数据量（4.9G的fasta），耐心等待6小时就能完成组装了。在这之后就是比对过程了，再然后的差异分析和富集分析跟有参转录组分析策略是一样的。

Trinity.fasta中保存的是所有转录本的fasta序列
Trinity.fasta.gene_trans_map中是gene与转录本的对应关系
both.fa中是最开始输入的所有的fastq文件的fasta汇总