simple_cycpep_predict 旨在快速采样受骨架环化约束的小肽闭合构象。这些小肽可以由L-或D-氨基酸残基、非手性氨基酸残基、类肽残基或L-或D-寡脲残基的任意组合构成。用户可以选择要求闭合构象中包含一定数量的骨架氢键。如果需要形成二硫化物键，用户可以使用TryDisulfPermutations移动器对所有可能的二硫化物置换进行采样。此外，用户还可以指定特定位置添加交联剂，此时将使用交联剂移动器进行放置。与依赖片段数据库的Abinitio Relax应用程序不同，该程序的采样过程不依赖于已知结构数据库。
输入：用户必须准备一个指定肽序列的ASCII（文本）文件。此文件必须由空格分隔的残基名称组成（例如PHE LYS ARG DLEU DASP DALA TYR ASN）。如果没有提供这样的文件，程序将抛出错误。请注意，FASTA格式的文件是不可接受的，因为它们不允许轻松指定非规范氨基酸。
输出：-out:file:o <pdb_filename>或 -out:file:silent <silent_filename>`用于指定要输出的PDB文件前缀或生成的二进制silent 文件的名称。
将具体的命令写成bash文件：
/data/home/Leodad/software/rosetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/simple_cycpep_predict.static.linuxgccrelease \
-cyclic_peptide:sequence_file seq.txt \
-nstruct 10 \
-corrections::beta_nov16 \
-beta_nov16 \
-cyclic_peptide:genkic_closure_attempts 1000 \
-cyclic_peptide:min_genkic_hbonds 2 \
-cyclic_peptide:rama_cutoff 5.0 \
-fast_relax_rounds 3 \
-cyclic_peptide:genkic_min_solution_count 1 \
-cyclic_peptide:use_rama_filter true \
-symmetric_gly_tables true \
-cyclic_peptide:cyclization_type "n_to_c_amide_bond" \
-min_final_hbonds 0 \
-mute all \
-unmute /data/home/Leodad/software/rosetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/src/protocols.cyclic_peptide_predict.SimpleCycpepPredictApplication \
-out:file:silent output.silent \
最后运行这个bash文件就能得到预测的结构了~
