解决方法

• 更改clusterProfiler包的源码并重新编译

1. 下载源码： Bioconductor - clusterProfiler

   image.png

2. 解压后进入 \clusterProfiler\R，找到文件kegg-utilities.R

3. 将131行和137行的http都改为https

   image.png

4. 卸载原来的clusterProfiler包

5. 重新编译新的clusterProfiler包：在RStudio中选择File->New Project -> 选择下载的源码文件夹 ->
   image.png

6. 重新运行代码，不再报错

环境

• clusterProfiler版本：4.4.1
• R语言版本：4.2.0
• ClusterProfiler包的依赖均为最新版本

报错代码

kk.degene <- enrichKEGG(gene = c('12306','12307'),
                        organism = 'hsa',
                        #universe = gene_all,
                        pvalueCutoff = 0.05,
                        qvalueCutoff = 0.05)

报错信息

"Failed to download KEGG data.",
"Wrong 'species' or the network is unreachable.",
"The 'species' should be one of organisms listed in",
"'https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'"

分析

因为是突然发生的问题，之前一直没有遇到过这个问题，所以考虑到是clusterProfiler包或者R语言的版本问题，于是先采用了更新R语言版本以及clusterProfiler包的方法但是没有能够解决。
进而搜索资料，网上的解决方法“换个网络”或者将“hsa改为human”都不work。通过查看API的更新信息以及源码发现可能出现问题：

• KEGG的API发生变更，从HTTP to HTTPS

  
  
  image.png
• 源码中download的地址还是使用http

尽管不熟悉网络请求的原理，但是抱着试一试的态度将源码中HTTP改为了HTTPS，发现能够成功请求，十分喜悦，特此记录。

“想到就去试一试”。 -2020602