有少数限制酶识别并仅切割被甲基化修饰的 DNA，如 DpnI 和 SgeI。
DpnI 特异性识别并切割双链 DNA 中腺嘌呤被甲基化修饰的 GmATC 序列（即Dam 修饰），对未被甲基化的 GATC 序列无作用。
SgeI 特异性识别单链或双链 DNA 上胞嘧啶被甲基化的 mCNNG 序列（Dcm 修饰的一种）并在下游切割，不识别未被甲基化的 CNNG 序列。
DpnI 和 SgeI 可以被用来进行 DNA 定点突变。从dam+ 或dcm+ 基因型菌株中提取的质粒带有甲基化修饰。如果设计带有突变位点的引物，以甲基化质粒为模板进行PCR 扩增，获得的产物不带有甲基化修饰。这样使用 DpnI 或 SgeI 进行处理，就会只消化未突变的质粒模板，而保留带有突变位点的扩增产物。
