1. 按照测序原理分类：
2. 按读长分类
3. 按应用分类
4. 短读长测序
产生模板的克隆有几个方法
- 基于磁珠（bead-based）
在磁珠法的准备过程中，一个接头和寡核糖核酸片段互补并且固定在珠子上（图1a）。DNA模板通过使用油包水PCR（emulsion PCR，emPCR）得以扩增。单个珠子上被克隆得到的DNA片段可以达到上百万个。这些珠子可以被分为glass surface或者PicoTiterPlate（罗氏诊断）。 - 固相介质（solid-state）
固相介质扩增避免了油包水PCR，取而代之的是在固相介质上（flowcell）直接进行 PCR。该方法中，正向和反向引物结合在芯片的表面，这些引物给单链DNA（single-stranded DNA，ssDNA）提供了末端的互补序列供其结合。 - DNA微球技术（DNA nanoball）。
BGI使用的 Complete Genomics technology测序技术是唯一一个在溶液中完成模板富集的技术。DNA被连接成环通过旋转环状扩增（rolling circle amplification，RCA），随后加载至flowcell中进行cPAS测序。
illumina测序
MGI DNBSEQ
Roche 454
Gega A, Kozal M J. New technology to detect low-level drug-resistant HIV variants[J]. Future virology, 2011, 6(1): 17-26.
2005年Rothberg创建了454 life technology公司，将焦磷酸测序与乳状PCR（emulsion PCR）结合。所谓乳液PCR就是将带有接头的单链DNA文库分子固定在磁珠上，随后将携带有磁珠的PCR扩增体系乳化形成油包水混合物，每滴油包水中仅含有一个捕获磁珠，以及PCR扩增所需要的酶及底物等，相当于一个微型的反应体系。随后打破乳液混合物，但是扩增的片段仍在磁珠上，将磁珠加载至picotiterplate（PTP）中进行测序，PTP板是一个60mm×60mm的光纤板，包含有约160万个PTP小孔（直径为29μm），仅能容纳一个磁珠（直径28μm），其中各孔内含有测序需要的酶及底物，并且不会因为dNTP的加入和流走而损失。测序过程中，四种核苷酸分别按照dTTP，dATP，dCTP，dGTP的顺序依次循环加入PTP，如果是与模板匹配的dNTP，则在DNA聚合酶的作用下，会释放一分子的焦磷酸（PPi），在ATP硫酸化酶（ATP sulfurylase）的催化作用下与5’-磷酰硫酸（APS）的形成ATP：
PPi + APS→ ATP
新生成的ATP，会促使荧光素酶（luciferase）将荧光素转换成氧化荧光素，进而发出荧光，并被高灵敏的CCD检测到，随后剩余的dNTP及ATP会被三磷酸腺苷双磷酸酶（apyrase）水解，淬灭荧光信号并再生反应体系，将dNTP的聚合与光信号进行偶联，实现了对DNA的实时测序。
Ion torrent
Ion Torrent是第一个没有光学感应的NGS平台。与酶化学复合物产生的信号相比，Ion Torrent平台检测的是dNTP中释放出来的H离子。pH值的改变通过（integrated complementary metal-oxide-semiconductor，CMOS）以及（ion-sensitive field-effect transistor，ISFET）来检测。传感器对pH的变化对于连续碱基的检测还不够完善，因此在测量同一碱基连续出现时的数量可能会有所误差。
AB SoLiD（sequncing by oligo ligation detection）
与454类似，SOLiD也是采用乳液PCR的方式进行模板的扩增。SOLiD测序的核心是连接酶及双碱基探针。其中碱基的结构为3’-XX-nnn-zzz-5’-Fluorescence，其中1,2号位的“X”为4种碱基的一种，XX组合共有16种；3-5号位的“n”为随机碱基；6-8号位的“z”为能与任意碱基配对结合的特殊碱基；5’位置分别标记了4种荧光标记（cy5，Texas Red，cy3，FAM），其中每4种“XX”组合使用一种荧光标记。当oligo能与模板聚合，即可检测荧光信号，记录荧光信号以后，使用化学方法对第5位和第6位之间进行切割，即可移除荧光信号，以便进行下一轮连接测序，也即每次连接可以加入5个碱基，在最后一次连接后，将新合成的链变性洗脱，接着使用n-1引物（在引物n的基础上，向3’端移动一个碱基的位置）进行第2轮测序，直至第5轮测序时（单向测序），即可以完成所有位置的碱基的测序，并且每个位置的碱基均被测序了两次，所以SOLiD测序具有极高的准确率（99.99%），但是缺点是最大读长为75bp。
5. 长读长测序
Nanopore
nanopore测序是将人工合成的一种多聚合物的膜浸在离子溶液中，多聚合物膜上布满了经改造的穿膜孔的跨膜通道蛋白（纳米孔），也就是Reader蛋白，在膜两侧施加不同的电压产生电压差，DNA链在马达蛋白的牵引下，解螺旋通过纳米孔蛋白，不同的碱基会形成特征性离子电流变化信号。该膜具有非常高的电阻。通过对浸在电化学溶液中的膜上施加电势，可以通过纳米孔产生离子电流。进入纳米孔的单分子引起特征性的电流干扰，这被称为Nanopore信号。
Pacbio SMRT
PacBio单分子实时DNA测序技术（single molecular real time sequencing，SMRT），其主要特点是序列读长长，目前平均序列读长在10 kb以上，最长可达40 kb。
PacBio SMRT技术的两点关键创新：分别是零模波导孔（zero-mode waveguides, ZMWs）和荧光标记在核苷酸焦磷酸链上（Phospholinked nucleotides）。
SMRT Cell含有纳米级的零模波导孔，每个ZMW都能够包含一个DNA聚合酶及一条DNA样品链进行单分子测序，并实时检测插入碱基的荧光信号。ZMW是一个直径只有10~50 nm的孔，当激光打在ZMW底部时，只能照亮很小的区域，DNA聚合酶就被固定在这个区域。只有在这个区域内，碱基携带的荧光基团被激活从而被检测到，大幅地降低了背景荧光干扰。
将荧光染料标记在核苷酸的磷酸链而不是碱基上，当核苷酸掺入到新生的链中，标记基团就会自动脱落，减少了DNA合成的空间位阻，维持DNA链连续合成，延长了测序读长。SMRT测序最大限度地保持了聚合酶的活性，是最接近天然状态的聚合酶反应体系。
6. 方法学对比
