申时行解职归田23年，申时行度过了他的八十寿辰。他将万历赐予的礼物全数奉还。晚年的申时行，将他的书房命名为“赐闲堂”。他23年也没闲着，留给了后世一本《赐闲堂集》，书中记载了对往事的回顾，对自己一生功过的看法，其中对自己的过去毫无忏悔之意，他自信对于他执政期间的措施，皆取决于诚意，结果并非他个人所能左右。
有人说，张居正张先生虽刚愎自用，但有所成就；而忠厚如申时行，执行记录犹如一张白纸。但细想，如果真像所传如一张白纸，是否可以证明一切已纳入规范，机构运转正常。然而对于申时行来说，8年半的文渊阁生涯，并非毫无成就，而大多是间接的，所以他的成就甚少人能够理解。
就比如治理黄河这一历史难题，最初采用的政策，是由负责总理河道的御史处置，前任采用的措施，被拿下来；下任就采取相反的方案，故问题久久不得治理。申时行采用了潘季驯这位河道专家，同样，潘季驯也并未辜负申时行的重用。潘因为1584年，因帮张居正张先生的家属求情，被革职为民，1587年，黄河几处决裂，后过一年，又因申时行的复议，才得以恢复。直到申时行离开文渊阁不久，潘也被弹劾而罢官。
而入住文渊阁8年之间，北方边防也没有发生重大事件，此也为申时行的功绩之一。但也由于申时行的和稀泥属性，导致了后边历史的推进。1587年，辽东巡抚注意到一个建州酋长在不断吞并周边势力，后者也利用朝廷中的不合，成就了自己的大业，这位酋长便是后世的清太祖努尔哈赤。
文渊阁8年半的任期，接触到各种复杂的人和事，一直采用“大事化小，小事化了”的方针，然而并不能解决最大的问题，文官集团的日益成熟，他们是政府的支柱。
万历对自己的墓地，几次探查，亲自督促建造，造成这一悲剧的原因有很多，一个年轻的皇帝，自己创造能力被臣民压制，个性难以发挥，变成了活着的祖宗。虽未祖宗，但没有实际意义，万历的医生或许是残酷的一生。死后，并无豪华的装饰，陪葬，只是作为一个“人”，一个被伦理道德所制约，活着想变成的人。帝国的未来，和他无关，得一爱人陪伴，足矣~
