图形排版参考意见
- 矢量图和标量图
矢量图是使用直线和曲线来描述图形, 这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等等, 它们都是通过数学公式计算获得的。矢量图形最大的优点是无论放大、缩小或旋转等不会失真；最大的缺点是难以表现色彩层次丰富的逼真图像效果。常见的矢量图有 PDF, SVG, EPS 等格式。如果图形中有文字, 并且文字可以复制, 则可初步判断为矢量图。
矢量图的任何一个地方都可以挑出来修改，某个边框不好看，删掉；线条的粗细不统一，设置成一样的；某条线的颜色想重点突出下，单独修改 (这部分最好还是在画图时就修改好，会更协调，当然 AI 也没问题)；图中有了多余的元素，删掉；添加文字、设置成统一字体、统一大小更没问题；画个简单的模式图，没问题；不同的子图拼在一起，没问题；自此，再也不愁文章的拼图了。
与矢量图相对应的就是标量图了, 常见的 png, jpg, gif 格式等, 是由像素点构成, 放大到一定程度会出现马赛克效果。图中的文字不可复制, 元素不可拆分。
- 矢量图的制作
• 常规图：
– Excel, 生成的图可以直接拷贝到 AI 里面修改
– R, Perl, Python 等程序语言输出 pdf, eps 格式的图
• 常用工具的出图
– 二代测序出图 UCSC – PDF; IGV – SVG; epigenomegateway - SVG;
– Motif Weblogo - eps
– 作图软件 Graphpad
- 矢量图编辑工具
主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。适用之后, 从稳定性还是易用性来讲, Adobe illustrator 是最好的一款。但是是收费软件, 在线会有一些试用版, 供测试时用。
- 作图基本原则
• 图形中文字的字体保持统一, 一般使用 Helevetica 或 Arial
• 符号一般使用 Symbol 字体, 常见符号有 ′, β 等
• Panel 的字号 (A,B,C,D) 一般比其余的文字大一号, 上下左右对齐
• 文字特别密集的地方字体可适当缩小, 原则是看着协调
• 图和图之间的距离在空间允许的情况下尽可能的大
• 一篇文稿所有柱状图理论上柱子的宽度保持一致
• 柱状图的 Error bar 宽度一致
• 坐标轴上的刻度尺宽度, 长度一致
• 坐标轴的宽度、颜色一致
• 胶图的泳道对齐
- 作图中的要点注意
• 标准化, 便于位置调整
– 从最开始作图, 到文章投稿、修改、定稿, 中间会不断调整, 子图会根据文章需要不断删减, 调整位置。因此标准化之后, 就可以很简单的互换位置就可以了
– 每个子图的长宽尽量一致
– 每个相似子图内部元素的特征一致, 比如柱子的宽度 (6 mm), 柱子之间的距离, 坐标轴的刻度的宽度 (0.7 mm), 误差线的宽度 (1 mm), P-value 连接线宽度 (6 mm), 胶图泳道的宽度等
• 合理利用对齐工具, 左右对齐、横向分布、纵向分布等, 即保证对齐效果, 又免去人为调整的繁琐
• 在选择单个元素时尽量使用直接选择工具
• 作图要做到自己满意, 自己对自己负责；当你觉得一个地方不合适需要调整时, 一定要及时修改；如果怕麻烦现在没调整, 过几天别人发现或自己觉得不舒服也还是会再调整的。所有要做好充足的准备和充足的工作
• 保留备份, 保留备份, 保留备份. 每次大的修改都要保留原始版本, 因为不知道下次是否还会改回来。
