数据结构

向量

向量与标量

元素：数字或字符串（用chr表示）等。
标量：一个元素组成的变量。
向量：多个元素有序排列组成的变量。（可作为数据框中的一列）

来源：生信星球

> x<- c(1,2,3) #将x定义为由元素1，2，3组成的向量
> x
[1] 1 2 3
> x<- 1:10 #x为1-10所有整数
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10每隔0.5取一个数
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0
[18]  9.5 10.0
> x<- rep(1:3,times=2) #1-3所有整数，并重复2次
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

从向量中提取元素

根据元素的位置

> x[4] #第4个元素
[1] 1
> x[-4] #排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
[1] 1 2 3 2 3
> x[2:4] #第2到第4个元素
[1] 2 3 1
> x[-(2:4)] #除了第2-4个元素
[1] 1 2 3
> x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
[1] 1 2

根据值

> x<- 1:10
> x[x==10] #等于10的元素
[1] 10
> x[x<0] #小于0的元素
integer(0)
> x[x %in% c(1,2,5)] #存在于向量c（1，2，5）中的元素
[1] 1 2 5

%in%判断前面一个向量内的元素是否存在于后面一个向量中，返回布尔值。

数据框

读取本地数据

> a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
> View(a)

sep参数用来指定字符的分隔符号。
csv 文件以逗号分隔，sep = ","
txt 文件以制表符分隔，sep = "\t"
其他文件还有以空格分隔，sep = " "
分隔符是任意的，可根据具体情况指定的。
header参数表示是否将文件的第一行作为列名，默认是T(true)。

设置行名和列名

> X <- read.csv('doudou.txt') #注意这里变量X是一个数据框
> colnames(X) #查看列名
[1] "X1" "X2"
> rownames(X) #查看行名,默认行名就是行号
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(X)[1] <- "bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x，用这个命令来修改
> X <- read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框的导出

> write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认有双引号）

变量的保存与重新加载

没处理完的数据可以保存下来（保存的格式是.RData），接着用再重新加载。

> save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
> save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
> load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

提取元素

X[x,y] #第x行第y列

> X[1,1] #第1行第1列
[1] 1

X[x,] #第x行

> X[2,] #第2行
[1] NA

X[,y] #第y列

> X[,1] #第1列
[1]  1 NA NA  3 NA

X[y] #也是第y列

> X[1] #也是第1列
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA

X[a:b] #第a列到第b列
X[c(a,b)] #第a列和第b列
X$列名 #某列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

> X$X2
[1]  1 NA NA  3 NA

直接使用数据框中的变量

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width) #取iris中的两列作散点图

脚本文件保存到工作目录中，后缀为.R。

问题

save(X,file="test.RData")如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
答：找不到X变量，可能是因为脚本中前面的代码没有运行，导致环境变量中没有X这个变量，将前面的代码运行就好啦。