大纲

• 第一步 了解conda——“linux的应用商店”

conda 类似于windows系统中的Microsoft Store

• 第二步 给linux云服务器下载conda（精华版miniconda）
• 第三步 安装和配置miniconda
• 第四步（重点） 使用miniconda安装、查看、卸载生信需要的软件（本节以fastqc为例）

类似于在windows软件商店中下载biliibli软件

一、conda介绍

• 参考公众号《生信星球》生信小白第3天-linux的App Store
• 日常生信使用Miniconda即可

二、下载miniconda

1. xshell中查看服务器是多少位的
   uname -a
2. 下载链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
   linux下有64-bit（x86_64）、32-bit（x86）两种版本
3. 选择最新版本（latest），右键，复制下载链接
4. xshell中新建biosoft目录（#存放生信软件）
   mkdir biosoft
5. wget 下载链接

windows系统，左键选中为复制，右键点一下粘贴

下载miniconda.png

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，类似于安装包，安装失败时，.sh不用重新下载，还可以用；删除命令 rm

三、安装、配置miniconda

1.安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按Enter或输yes跳过版权信息

按回车键.png

按回车键.png

输`yes`.png

按回车键（默认存储路径/home/bio03/miniconda3）.png

输`yes`.png

安装成功.png

2. 激活 source ~/.bashrc

命令行输入conda，若出现满屏信息说明成功

激活成功.png

• 若安装不成功：删除miniconda目录rm miniconda，再重新安装

3. 添加镜像

镜像网站：conda在国外，我们在国内下载软件速度慢，所以配置镜像

• 复制以下代码到命令行

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

xshell windows系统，左键选中为复制，右键点一下粘贴

添加镜像.png

四、使用miniconda

利用miniconda查看、安装、卸载生信软件（以fastqc为例）

1. 查看服务器上安装的所有软件列表 conda list

查看已有软件列表.png

2. 安装fastqc软件 conda install fastqc -y

-y是yes，即安装过程中的问题均回答yes

安装fastqc软件.png

3. 确认是否安装成功 fastqc --help或conda list

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，即安装成功。该大片文字为软件的帮助文档

确认fastqc软件安装成功.png

或

输入conda list查看所有已有软件列表，看是否有fastqc

确认fastqc软件安装成功.png

4. 卸载fastqc软件 conda remove fastqc -y

卸载fastqc软件.png

验证fastqc卸载成功.png

学无余力，到此结束啦，嘻嘻~