seutat包中FindClusters函数选择多少resolution合适?

可以用来观察分群结果的包——clustree。

可以把不同resolution的分类结果放在一起展示,通过一个分类树的图,可以看到新的细胞群是由低分辨率状态下哪些细胞组合成的,方便选择合适的resolution参数。


library(clustree)

sceList.integrated <- FindClusters(sceList.integrated, resolution = seq(0.4,1.2,by=0.2))

clustree(sceList.integrated@meta.data, prefix = "integrated_snn_res.")

#提前colnames(sceList.integrated@meta.data)看一下,我这里事先设置了Idents(sceList.integrated) <- "integrated",所以是"integrated_snn_res."


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