Rathke囊肿的术前诊断需要综合其临床症状及MRI表现进行。
目前认为，当Rathke囊肿出现症状时应该进行干预，手术是主要的治疗方式。
手术方式的选择应该根据Rathke囊肿的位置而定：对于主体在鞍上的Rathke囊肿，可以采用传统的骨瓣开颅，也可以采用眶上锁孔入路；而对于主体位于鞍内的Rathke囊肿，经鼻蝶入路手术治疗是主流的方法。内镜下经鼻蝶入路手术可以让术者获得足够的视野，术中能更好地选择Rathke囊肿的切除范围，在术中对正常垂体组织的保护和功能保留能够做得更好；并且认为术中采用囊肿壁部分切除和简单引流的方法，可降低术后并发症，而完全切除囊壁则适用于反复复发的病例；完全切除囊肿与部分切除或仅引流活检，对于术后的复发率没有明显的影响。
