iTOL(Interactive Tree Of Life)是一款在线进化树美化软件,功能强大,可以展示各种数据。
网址:https://itol.embl.de/
上传树文件
文本格式复制粘贴或者直接上传文件(newick 格式进化树)
基本设置
control 面板可以调整树的形状(圈图、辐射图或者常见的normal 格式)、字体大小及颜色、是否显示bootstrap 值等信息。
添加注释
如果想在图中添加更多的信息,就需要自己准备好配置文件,将每个dataset 配置信息单独写到文本文件中,注意指定分隔符,准备好文件后,将文件拖拽到进化树美化页面。然后微调这些dataset,得到最终美化的进化树图片。
label 颜色调整
**示例**
# 指定dataset类型
TREE_COLORS
# 指定文件分隔符
SEPARATOR TAB
# 指定数据,第一列为label, # 第二列写为"label"
# 第三列为颜色
# 第四列为字体
# 第五列为字体大小
DATA
sind|SIN_1004729 label #6633ff bold 1.5
sind|SIN_1014454 label #6633ff bold 1.5
sind|SIN_1005002 label #6633ff bold 1.5
sind|SIN_1005003 label #6633ff bold 1.5
sind|SIN_1005004 label #6633ff bold 1.5
gmax|KRH46136 label #DA70D6 bold 1.5
gmax|KRG98807 label #DA70D6 bold 1.5
atha|AT1G62190.1 label #dc143C bold 1.5
atha|AT2G22890.1 label #dc143c bold 1.5
atha|AT4G27030.1 label #dc143c bold 1.5
背景颜色调整
**示例**
TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
# 指定数据
# 第一列为 label
# 第二列写为"range",第三列为颜色
DATA
sind|SIN_1004729 range #6633ff
sind|SIN_1014454 range #6633ff
sind|SIN_1005002 range #6633ff
sind|SIN_1005003 range #6633ff
sind|SIN_1005004 range #6633ff
gmax|KRH46136 range #7CFC00
gmax|KRG98807 range #7CFC00
atha|AT1G62190.1 range #dc143C
atha|AT2G22890.1 range #dc143c
atha|AT4G27030.1 range #dc143c
显示symbol,dataset 类型为Binary
iTOL 中图形编号
![](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/27313279-cfbd7bd0e30f8033.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
**示例**
DATASET_BINARY
SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL label1
FIELD_SHAPES 2 4 5 1
FIELD_LABELS f1 f2 f3 f4
FIELD_COLORS #ff0000 #00ff00 #ffff00 #0000ff
DATA
sind|SIN_1004729 1 -1 1 1
sind|SIN_1014454 -1 1 -1 1
sind|SIN_1005002 0 1 0 1
sind|SIN_1005003 1 0 1 0
sind|SIN_1005004 1 -1 0 -1
gmax|KRH46136 1 -1 0 -1
gmax|KRG98807 1 -1 0 -1
atha|AT1G62190.1 1 -1 0 -1
atha|AT2G22890.1 1 -1 0 -1
atha|AT4G27030.1 1 -1 0 -1
barchart 条形图
**示例**
##指定dataset类型
DATASET_SIMPLEBAR
SEPARATOR TAB
##指定dataset名称
DATASET_LABEL barchat2
COLOR #FF8C00
##第一列为label,第二列为做条形图的数值
DATA
sind|SIN_1004729 10
sind|SIN_1014454 5
sind|SIN_1005002 2
sind|SIN_1005003 4
sind|SIN_1005004 7
gmax|KRH46136 6
gmax|KRG98807 3
atha|AT1G62190.1 7
atha|AT2G22890.1 1
atha|AT4G27030.1 9
饼图
**示例**
DATASET_PIECHART
SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL piechat
FIELD_COLORS #00BFFF #FFD700
FIELD_LABELS p1 p2
#ID,position,radius,value1,value2,value3...
#position defines the position of the pie chart on the tree:
# -1 = external pie chart
# a number between 0 and 1 = internal pie chart positioned at the specified value along the node branch (for example, position 0 is exactly at the start of node branch, position 0.5 is in the middle, and position 1 is at the end)
# 第1列为label
# 第2列指定位置 -1表示画在树的外部
# 第3列为饼图半径
# 第4、5列为饼图的作图数据
DATA
sind|SIN_1004729 -1 10 10 5
sind|SIN_1014454 -1 10 5 4
sind|SIN_1005002 -1 10 2 3
sind|SIN_1005003 -1 10 4 3
sind|SIN_1005004 -1 10 7 4
gmax|KRH46136 -1 10 6 3
gmax|KRG98807 -1 10 3 2
atha|AT1G62190.1 -1 10 7 3
atha|AT2G22890.1 -1 10 1 4
atha|AT4G27030.1 -1 10 9 6