申时行被任为首辅，似为一串意料之外的机缘所促成。1587年，申时行官居首辅已四年，他为人温和谦让，，但也始终没有能在政治风浪中置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出辞呈十一次之多，才能冯准退休。
申时行由张居正的推荐入阁，不过他与别人不同，他是以才干取得张居正的信任，而不是以谄媚见用。申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中执掌教育和文墨的部门。多年的翰林生活更使申时行对我们帝国实行中央集权，以道德为支柱的理解加深。一个良好的政府必须选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，道德至高无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。
现在申时行，被同僚一致誉为“老成”。这种概念与实际年龄无关。他的看成来自长期处理各种人事的经验。这种经验，使他深知我们这个帝国有一个特点：一项政策能否付诸实施，实施后或成或敗，全靠看它与所有文官的共同习惯是否相安无扰，否则理论上的完美，仍不过是空中楼阁。这一帝国的宗旨，只是在于使大批人民不为饥荒所窘迫，即在“四书”所谓“黎民不饥不寒”的低标准下长治久安。推行这种宗旨，只有与全体文官合作。他老透了国家为解决问题而设立文官，但国家最大的问题也是文官。而奇怪的是，以张居正的精明炼达，竟忽视了这样基本而简单的事实。
要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。公历1587年，申时行五十三岁，他身为首辅，位极人臣，又有张居正前车之鉴，为什么他对一切还那么认真而不听其自然呢？他亲自主持各种礼仪，更表明他同样受上天节制，即受道德传统所节制。无数次的磕头加强了皇帝神圣不可侵犯的意义。象征不一定就是虚伪。现在身为首辅，他仍然担任着规划皇帝就读和经筵的责任。这种繁文缛节乃是当日国家中一种重要制服。经筵的令人厌倦之处，他比别人有更多的体会。然而首辅申先生忠于职守，仍然在兢兢业业地维护这个传统节目。在对待早朝的问题上，他也持同样态度，坚持不应断辍。
申时行是一个富有现实感的人，他懂得为臣之道。申时行提倡诚意，但他对理想与事实的脱节，却也有一番深切的认识。他公开表示，他所期望的不外是“使贤者有所依归，而不肖者犹知忌惮”。申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免。张居正案已过去，他现在的任务是帮助年轻皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。各式各样的社会关系使文官们结成小集团。申时行力主人事上的稳定。申时行虽然承认现实，却又不能放弃理想。他总是扮演和事佬的角色。
而张居正的聪明绝顶，却为何十年之后，身败名裂，成为历史上一大悲剧的主角？申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作出必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。张居正担任首辅时，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力令全部文官终身不忘。张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。客观条件来说，张居正引用私人，是无法避免的。这也彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。张居正把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人标准加以升迁或贬黜，因此严重威胁他们的安全感。王世贞说，张居正这一套偏激的方法，是和全国的读书人作对。
时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样的角色，至于别人评论“首位两端”，就只能付诸一笑。申时行没有忽略文官的双重性格：虽称公仆，实系主人；有阳则有阴。1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他的诚意。与他前任张居正1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。这稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的位置，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历的关系越来越好。但皇帝突然放弃诚意，这让申时行至为不安。推广诚意的方式是不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申时行内心明白，皇帝对一切都采取怀疑的态度，他已经知道凡事都有其明暗阴阳。皇帝放弃诚意，申时行又该何去何从呢？
