崇祯元年四月，王在晋升兵部尚书。
《崇祯长编》崇祯元年三月：“乙丑 起王永光仍以太子太傅改户部尚书用南吏部尚书王在晋仍以太子太傅为刑部尚书。”
《崇祯长编》崇祯元年四月：“甲午 王在晋仍以太子太保兼兵部尚书。”
崇祯元年五月，皇太极打锦州，毛文龙不去牵制，崇祯赏赐毛文龙父子，他父子俩还是不去牵制，反而王国兴密谋勾结。而当时兵部尚书，就是王在晋。
《崇祯长编》：º平辽搃兵毛文龙疏辞俘觧加恩并其子承禄都督佥事职衘允之，
º大清兵围大堡。”
“內官王國興假旨召島帥毛文龍登萊巡撫孫國楨以聞下獄論死”。
崇祯元年五月，后金攻略锦杏，杀掠锦杏等地军民。
《满文老档》：“天聪二年（即崇祯元年）五月，十一日，遣贝勒阿巴泰、岳托、硕托及八固山额真，率兵三千，往略明地，并攻破锦州城。
二十三日，往略锦州、松山一带贝勒岳托，派遣巴尔泰、岱松阿来报所得消息，言於十六日疾驰进击，获人口及马、牛、驴共八百，破锦州、杏山、高桥三城，并毁十三山以东台站二十一处，杀守台者三十人等语。汗遂遣人往迎出征诸贝勒。赐三贝勒马各一，赐蒙古诸贝勒及恩格德尔额驸、达尔汉豁绍齐马各一，并食物等。闻出征诸贝勒将至，汗出迎五里外，见统兵诸贝勒、八大臣及士卒，先拜天毕，汗还行幄落座，出征诸贝勒大臣等，各至汗前，依次抱见。以俘获诸物，按级分给将士。於是，随谒堂子，还宫。”
“五月辛未，明人弃锦州。贝勒阿巴泰等率兵三千略其地，隳锦州、杏山、高桥三城，毁十三站以东墩台二十一。”《清实录太宗本纪》
后金进犯大明，崇祯皇帝封赏毛文龙父子，而毛文龙父子不仅不去牵制，反而与王国兴密谋，事后，崇祯帝将王国兴下狱论死。
崇祯元年五月，“内官王国兴称密旨召毛文龙，踪迹诡秘”，“上谓初撤镇使，未尝轻遣内臣，命逮国兴下狱论死”，当中必有隐情。（《国榷》卷89）
“內官王國興假旨召島帥毛文龍登萊巡撫孫國楨以聞下獄論死”。——《崇祯长编》元年五月
十月，王在晋还是兵部尚书，毛文龙勾结后金，称兵登莱之事，因为有王在晋参与，要不然，王在晋怎么可能不提毛文龙勾结后金，称兵登莱之事呢？王在晋参与了，才不提，反而鼓吹洗白毛文龙。
“兵部尚書王在晉曰减汰當來歲閣臣請發二十萬金禮部侍郎周延儒曰關門昔防邊今且防兵前寧遠譁即餉之今州效尤又餉之倘九邊各倣視其何以應延儒又曰臣非阻發帑當求經久之策帝稱善又責科道官言事失寔即召對商榷徒具文耳諸臣俱媿謝。”——《崇祯长编》崇祯元年十月
崇祯元年八月，皇太极一边出兵犯明，与袁崇焕祖大寿战于黄泥洼，一边打后方蒙古部落。
皇太极打后方蒙古部落，在拔掉插在奴国后方的钉子时，作为兵部尚书的王在晋在干什么？无动于衷，即不上奏派兵，支援袁崇焕，又不下令让毛文龙捣敌巢，任由皇太极在拔掉插在奴国后方的钉子。
王在晋的无动于衷行为，简直就是后金间谍。
而当时的毛文龙，竟然不去牵制，反而以飘风为由，称兵登莱，最后，皇太极拔掉了后方的钉子，解去后顾之忧，全力对附大明了。
崇祯元年九月，孙国桢因毛文龙称兵登莱之事，直接被崇祯罢贬。
《满文老档》：天聪二年八月，初七日，汗御殿，赐奈曼部贝勒洪巴图鲁号为达尔汉，扎鲁特部台吉喀巴海号为卫徵。赐号之缘故，即洪巴图鲁、喀巴海台吉以察哈尔汗不道，欲依傍天聪汗，俱来归附。後出征察哈尔阿喇克绰特部，杀其台吉噶儿图，俘获人口七百，以所获献汗。
“更有異者文龍近以漂風為名突至登州夏家疃上岸續到多舡見在登萊沿海窺探不知意欲何為。”——《崇祯长编》崇祯元年八月
《国榷》：“崇祯元年八月，庚戍，贱虏犯黄泥洼。袁崇焕令总兵官祖大寿击却之，斩百八十级，获骡马二十。”
“大清練兵五萬借狐狸襯兵一萬打造盔甲戰車欲于三岔河三路出兵過寧遠圍屯攻越山海石門等處至是兵部覆請敕邊臣多方哨探隨地設防清野固守為萬全之策從之。”——《崇祯长编》崇祯元年八月
“八月丁未，清兵攻黄泥洼，袁崇焕令总兵官祖大寿御之。”—— 《崇祯实录》
“兵科給事中許譽卿劾毛文龍擅離汛地潛入登萊責令據寔回奏從之”。——《崇祯长编》崇祯元年八月
崇祯二年四月，
毛文龙又一次称兵登州，崇祯与内臣言言处罪东江毛文龙，朝鲜收到消息，明廷议毛文龙日久作乱。王在晋当时，还在世，整个朝廷都知道的事？他会不知道？他会不记载？
种种史料对比，王在晋是毛文龙背后之人，有份参与毛文龙勾结后金之事，才写书，大肆洗白毛文龙，抹黑袁崇焕。
“近且有牧马登州、取南京如反掌等语。据登莱道申报，岂堪听闻！”《蓟辽督师袁崇焕题本》
《公槐集》卷3《讲帷记注》，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
崇祯二年，《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年四月二十七日：壬子/毛文龍領兵船四十艘, 向登州。 是時，中國疑文龍居外，久必作亂， 議塞登州之路，文龍稱以當與袁軍門面議軍務，遂行。
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
崇祯元年十一月，就写信通敌，次年，就称兵登莱了。
崇祯元年，《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖六年十一月二十日：
“都督毛文龍, 遣使通書于奴賊。”
在天启年间，王在晋主动放弃关外，有意将关外送给努尔哈赤。
在崇祯初年，皇太极四处出战，在解决后顾之忧，而王在晋作为兵部尚书，即默契配合皇太极，任由皇太极，扩大地盘，扩张军事，王在晋真是大清之友啊！
满清入关后，清政府让孔继尧绘王在晋画像，用以传赞。
道光九年刻本《吴郡名贤图传赞》，录绘王在晋像，由孔继尧绘，以此传赞。
满清此举，是有意传赞王在晋对满清的功赞。
满清入关后，说袁崇焕杀毛文龙，是明亡了。
满清《啸亭杂录》 ：
“袁崇焕之杀毛文龙，其事甚冤。世儒以崇 焕后死可悯，故尔掩饰其过，至谓毛文龙果有谋 叛诸状，非深知当日之事者也。文龙守皮岛多 年，虽有冒饷、抗据诸状，然其兵马强盛，将士多 出其门，本朝佟、张二将尽为彼害，使留之以拒 大兵，不无少补。崇焕乃不计其大事，冒昧诛 之，自失其助。遂使孔定南诸将阴怀二心，反为 本朝所用，此明代亡国之大机。岂可因其后日 之死，乃遂掩其过也。 ”
