GSEA分析
根据测序公司返回来的分析数据，打开包含所有基因的数据的excel表
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在excel 表中先进行部分操作
- 去除不含EntrezID的行，通过筛选去掉空的列
- 只保留gene_name, EntrezID 列以及log2（fc）列，其余列数去除
-
根据log2（fc）从大到小进行排列
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2. 转到R
setwd("I:/trit1/T202111_8dpf_and_16dpf/revised 更换了个野生型16d/Summary/coverage_gene")
library(stringr)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(ggridges)
T16<-read.csv("test1.csv") ## 读入之前保存的数据
head(T16)
dim(T16)
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gene_fc=T16[,3]
head(gene_fc)
names(gene_fc)<-T16$EntrezID
gene_fc_sort<-sort(gene_fc,decreasing = TRUE)
head(gene_fc)
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go_result <- gseGO(geneList = gene_fc, ont = "BP", OrgDb = org.Dr.eg.db,keyType = "ENTREZID",pvalueCutoff = 0.05, pAdjustMethod = "BH")#p值校正方法
head(go_result)
kegg_result <- gseKEGG(
geneList = gene_fc,
organism = "dre",
keyType = "kegg",
exponent = 1,
minGSSize = 10,
maxGSSize = 500,
eps = 1e-10,
pvalueCutoff = 0.05,
pAdjustMethod = "BH",
verbose = TRUE,
use_internal_data = FALSE,
seed = FALSE,
by = "fgsea")
head(kegg_result)
head(go_result)
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做图
library(enrichplot)
gseaplot2(
go_result, #gseaResult object，即GSEA结果
"GO:0007059",#富集的ID编号
#标题
color = "green",#GSEA线条颜色
base_size = 11,#基础字体大小
rel_heights = c(1.5, 0.5, 1),#副图的相对高度
subplots = 1:3, #要显示哪些副图 如subplots=c(1,3) #只要第一和第三个图，subplots=1#只要第一个图
pvalue_table = FALSE, #是否添加 pvalue table
ES_geom = "line") #running enrichment score用先还是用点ES_geom = "dot"
gseaplot2(
kegg_result, #gseaResult object，即GSEA结果
"dre04744",#富集的ID编号
#标题
color = "green",#GSEA线条颜色
base_size = 11,#基础字体大小
rel_heights = c(1.5, 0.5, 1),#副图的相对高度
subplots = 1:3, #要显示哪些副图 如subplots=c(1,3) #只要第一和第三个图，subplots=1#只要第一个图
pvalue_table = FALSE, #是否添加 pvalue table
ES_geom = "line") #running enrichment score用先还是用点ES_geom = "dot"
ridgeplot(go_result)
ridgeplot(kegg_result)
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paths<-c("GO:0007601","GO:0000070")
gseaplot2(
go_result, #gseaResult object，即GSEA结果
paths,#富集的ID编号
#标题
color = "green",#GSEA线条颜色
base_size = 11,#基础字体大小
rel_heights = c(1.5, 0.5, 1),#副图的相对高度
subplots = 1:3, #要显示哪些副图 如subplots=c(1,3) #只要第一和第三个图，subplots=1#只要第一个图
pvalue_table = FALSE, #是否添加 pvalue table
ES_geom = "line") #running enrichment score用先还是用点ES_geom = "dot"
image.png
