Pore-C测序数据基因组挂载与分析

Pore-C是一种新兴测序技术，ONT测三维，据说分辨率比HIC高很多，是真的假的我也不知道

01.Align （比对、消化和注释）
/path/to/nextflow run /path/to/wf-pore-c \ --fastq $fq.gz --ref $fasta --cutter NlaIII -c increase_memory.config \ --threads 60 --paired_end_minimum_distance 100 --paired_end_maximum_distance 200 \ --chunk_size 10000 --paired_end

02.Anchor （基因组挂载）
samtools faidx $fasta
/path/to/yahs -e CATG Bathyergus.fasta null.ns.bam (e接酶切位点，不同酶不同)
/path/to/juicer pre -a -o out_JBAT yahs.out.bin yahs.out_scaffolds_final.agp $i.fasta.fai

这一步会提示下一步命令行是什么，echo 后面的会不一样

java -Xmx300G -jar juicer_tools_1.22.01.jar pre --threads 30 out_JBAT.txt out_JBAT.hic <(echo "assembly 1382974809")

03.Modify（调整挂载结果）
自己学JuicerBox

抄自 https://github.com/gotouerina/Pore-C-analysis/wiki 这个是我自己写的，我抄我自己

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