一、神迹一样的万有引力：
万有引力曾被认为是“神迹”的一个证明，因为物体之间不需要接触，就有引力。而且根据牛顿的万有引力公式，引力是会根据双方的距离而改变的，这就意味着：两个物体之间都必须要知道对方在哪里，否则是不可能出现恰当的引力的。这在当时的社会认知里，就只能用“神迹”来解释了。
牛顿并没有简单地用“神迹”来解释引力，虽然他本人是一个虔诚的基督徒，但身后的学术素养还是让他对引力这个问题做了一个客观的描述。至于万有引力背后的原因，他不知道，也不想引申。这种处理问题的方式，也是哲学上的“工具主义方法论”。
二、哲学的大分支——博物学：
与哲学的发展轨迹大致相同，博物学最初也包含了很多内容，例如动物学、植物学、矿物学、地理等，只是随着学科之间的不断细化，博物学发展到最后也变成了一个空集。
培根认为博物学是一切哲学不可缺少的基础，因为人类是难以做到仅凭理性来构建关于这个世界的真实知识的。从17世纪开始，人们就意识到经验是大于理性的，虽然经验是不一定靠的，但是我们能够掌握的最可靠的知识来源。
博物学的发展也对传统基督教产生了巨大的冲击，比如地层沉积的发现、化石的发现，最终促使人们意识到生物是会变化的，而不是像基督教中所认为的一切都是上帝提前设计好的。
三、伟大的总结者——达尔文：
达尔文并不是进化论的发明者。在他之前，拉马克等人都对进化论做出了很多贡献。达尔文在前人的基础上进行了总结归纳，去伪存真，建立了正确的进化论。
达尔文提出的进化论两大原则，就是生存和繁衍。相比之下，繁衍在进化史上更加重要。进化只有一个目的，让你活到能繁衍的年龄，并且把你的基因繁衍到下一代。
生存和繁衍都需要资源，生存需要吃东西，繁衍需要异性，那么这就导致了物种之间的竞争，谁能够获得更好的资源，而且要能够躲避掉威胁，谁才能够把基因繁衍到下一代。这种竞争逼得每个物种都得朝着更复杂的方向去进化，最终的结果就是出现了人类。
