病理性自闭症，主要是因先天之因，由先天和后天常规疾病而诱发自闭症。当其个体随着成长，有些被家长忽略的疾病自然痊愈。但由于当初在发病过程中，诱发的自闭症症状却自然存在。
这种生理疾病，有的在先天母体之中就已经开始有发病的征兆，随着婴儿出生，其疾病在症状或者医学检查中被发现，并在给予治疗的同时，而诱发自闭症。
有的儿童，在出生前后各项指标都显示正常，但因为先天性常规疾病和后天环境导致的常规疾病，从而诱发自闭症。
有的婴儿在母体之中，就已经具有了自闭症各种潜在微伏症状，当其个体出生后，在其生理性疾病和环境的交叉下，相互恶化而导致难以辩证，最终偏向疾病治疗，而忽略和诱发更多更严重的自闭症症状。
病理性个体内因：
1.先天易变自闭症基因
2.胎儿个体生理性疾病
3.后天发育与环境性疾病
