同源（Homologs）：

来源于共同祖先的相似的序列为同源序列。相似序列并不一定是同源序列。

直系同源（Orthologs）：

来自于不同物种的，由垂直家系（物种形成）进化而来的基因。并且典型地保留了与原始基因相同的功能。

旁系同源（Paralogs）：

在同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化出新的与原来有关的功能。

异同源（Xenologs）

通过水平基因转移，来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因。