DAY1 python

编译型语言一般不能跨平台
解释型语言一般可以跨平台:python
编译器 (编译型语言) 编译器在编译的过程中,读入源程序文件,输出一份等价的二进制可执行文件,就和笔译工作者一样,他们都会输出一份翻译后的文件。
解释器 (解释型语言) 解释器在解释的过程中,读入源程序文件,输出的是执行的结果,就和口译工作者一样,他们输出的是已经完成翻译的结果
输出的不同是这两者最大的区别,一个会输出用于执行的文件,另一个只会输出运行的结果

MacOS 安装python 两种办法:
1.python.org 网站
2.brew install python3

python 的包管理工具
pip
查询包
安装包
卸载包
一定程度的自动配置环境依赖功能
venv
创建 Python 的虚拟环境 其余功能类似 pip
conda
查询、安装、卸载 Python 包
创建、切换、管理 Python 运行环境 命令行工具安装(生信、数据科学必会工具) 强大的自动配置环境依赖功能

Conda 是一款环境管理工具,最流行的 Python 环境管理工具 之一,开源的软件包管理系统和环境管
理系统.

安装和配置conda环境
tuna →conda →清华大学tuna镜像站→搜索conda→选择anaconda →选择miniconda →选择“latest”版本!

清 除 之 前 残 留 的 conda channels

rm -rf ~/.condarc

按 顺 序 依 次 添 加 channel, 尽 可 能 使 用 官 方 源

其 他 源 常 常 在 同 步 库 的 时 候 发 生

md5 值 校 验 错 误 装 不 上 包 的 问 题 !!!!

conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r

备用 , 清华源

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

设 置 搜 索 是 显 示 通 道 地 址

conda config --set show_channel_urls yes

查看当前conda配置

conda config --show channels
conda config --get channels

pip源

PyPI 镜 像 在 每 次 同 步 成 功 后 间 隔 5 分 钟 同 步 一 次 。

临时使用 , 注意 ,simple 不能少 , 是 https 而不是 http

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

设为默认

升级 pip 到 最 新 的 版 本 (>=10.0.0) 后进 行 配置

python -m pip install --upgrade pip
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

如果您到 pip 默 认 源 的 网 络 连 接 较 差 , 临 时 使 用 本 镜 像 站 来 升 级 pip:

python -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --upgrade pip

Conda, Pip 的扩展用例

install mamba

conda install -c conda-forge mamba
mamba update -n base -c defaults conda
mamba install pandas

conda 导出环境/导入环境

导 出 当 前 环 境 :

conda env export > requirements_conda.yml

导入环境 :

conda env create -f requirements_conda.yml

备注 : 一 些 找 不 到 的 小 组 件 直 接 删 掉 后 再 安 装

滚 回 某 个 环 境

conda list --revisions
conda install --revision=n

删除 某 环境

conda env remove -n learn

pip 导出环境/导入环境

导 出 当 前 环 境 :

pip freeze > requirements.txt

导入环境 :

pip install -r requirements.txt

install JupyterLab
image.png

自动补全插件
image.png

第三节 Python 基础知识

提示: 输入法使用英文!
两种运行方式
python 的 shell 页面
“交互式”, 输入一行, 按回车, 返回一次结果, exit() 退出 (演示)
应用” 在 python 中测试少量代码
python 源代码文件 “.py”
编辑好每一行代码, 在命令行全部运行 (演示)
本质: 使用安装在指定路径下的 python 解释器 运行指定目录下的 “.py” 源代码文件 (文本文件)(演示)
源代码文件本质是 “文本文件”(可以使用 cat 或者 type 命令打印到命令行)
知识点
“123” 字符串
123 整数

注释

注释一行
行内注释
使用不同 IDE 进行演示并说明不同 IDE 运行逻辑

变量与数据类型变量:

变量是存放数据值的容器
与其他编程语言不同, Python 没有声明变量的命令
首次为其赋值时,才会创建变量
变量不需要使用任何特定类型声明,甚至可以在设置后更改其类型
字符串变量可以使用单引号, 双引号, 三引号进行声明

Python 变量命名规则

只能包含字母数字字符和下划线 (A-z、0-9 和 _)
必须以字母或下划线字符开头, 不能以数字开头
称区分大小写 (age、Age 和 AGE 是三个不同的变量)

Python 变量赋值规则

常规赋值
向多个变量赋值(相同值)
向多个变量赋值(不同值), 解包 (了解)
问题:如何将两个变量的值互换?

Python 变量的打印

打印一个变量
打印多个变量
将变量连接到字符串后,进行打印

Python 内置数据类型

字符串: str

常规字符串, raw 字符串, 三引号 (单, 双三引号)
常用方法: find, count, replace, startswith, endswith, upper, lower, split, join, strip
练习: 将 RNA 序列整理为大写, 并替换为 DNA 序列?
切片 (左闭右开): 常规, 步长, 反向
格式化字符串: %, fstring, format 方法

二进制: bytes

数值型:

int
float
complex

序列:

list: [] 新建列表,list 函数, 切片, 更改元素, 常用方法 (append, remove, pop)
tuple: (a,) 新建元组,tuple 函数, 切片, 元素不可更改
range 对象: 功能, 转 list, 转 tuple, 直接遍历, type
字符串

集合: set:

{} 新建集合, set 函数, 常用方法 (add, update, remove , discard)

字典: dict:

key: value 新建字典, dict 函数, 访问键值对, 更改键值对中的值, 遍历键, 遍历值, 遍历键值对, 添加新的键值对, pop 方法弹出值, popitem 方
法弹出键值对,del 关键字删除键值对

布尔型: bool:

定义,bool 函数
大多数值都为 True
如果有某种内容,则几乎所有值都将评估为 True
除空字符串外,任何字符串均为 True
除 0 外,任何数字均为 True
除空列表, 空元组外,任何列表、元组、集合和字典均为 True
对象为 True 或 False 的本质?(len) 方法返回 0 或 False, 则 bool 函数将其返回为 False

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