本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
本次课程所用的配套书籍是：《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来吧！
第二章：柱状图深入探究
- 柱状图加标签：
# 添加标签：
library(ggplot2)
library(gcookbook)
cabbage_exp <- cabbage_exp
# 标签位置的设定：vjust参数；
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) +
geom_bar(stat="identity") +
geom_text(aes(label=Weight), vjust=1.5, colour="white")
加标签01
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) +
geom_bar(stat="identity") +
geom_text(aes(label = Weight), vjust=-0.2)
# 为了防止标签跑出图形，可以调整y轴的范围：
# 方法一：ylim()函数：
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) +
geom_bar(stat="identity") +
geom_text(aes(label=Weight), vjust=-0.2) +
ylim(0, max(cabbage_exp$Weight)* 1.05)
# 方法二：以weight为基准，调节y值，图形高度会自动适配：
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight))+
geom_bar(stat="identity")+
geom_text(aes(y = Weight + 0.1, label = Weight))
加标签02
# 分组柱状图加标签：需要设定position_dodge(),以调整字体的合适位置；
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
geom_bar(stat = "identity", position = "dodge") +
geom_text(aes(label=Weight), vjust=1.5, color="white",
position=position_dodge(.9), size=3)
加标签03
library(plyr)
# 堆积柱状图添加lable
ce <- arrange(cabbage_exp, Date, Cultivar)
ce<-ddply(ce, "Date", transform, label_y=cumsum(Weight))
ce$Cultivar <- factor(ce$Cultivar,levels = c("c52","c39"))
ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
geom_bar(stat="identity") +
geom_text(aes(y=label_y, label=Weight), vjust=1.5, colour="white")
# 修改lable至中央：
ce <- arrange(cabbage_exp, Date, Cultivar)
ce<-ddply(ce, "Date", transform, label_y=cumsum(Weight)-0.5*Weight)
ce$Cultivar <- factor(ce$Cultivar,levels = c("c52","c39"))
ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
geom_bar(stat="identity") +
geom_text(aes(y=label_y, label=Weight), vjust=1.5, colour="white")
加标签04
# 添加单位，并修改颜色模式
ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
geom_bar(stat="identity", colour="black")+
geom_text(aes(y=label_y, label=paste(format(Weight, nsmall=2), "kg")),size=4)+
scale_fill_brewer(palette="Pastel1")
加标签05
